前言再考

經濟學裡面有一個名詞叫做 用腳投票, 意思是說, 人會自己選擇要待在某個環境或離開. 這個辭常常被延伸為 -- 嘴巴上講得多漂亮都沒用, 實際的行為才能代表真正的想法. 當初講的話, 事後驗證往往只是便宜行事, 不是真實的想法.

我最近常常再想一些我以前說過的話 --- 我到底有沒有做到? 我的想法對錯是其次, 問題是我有沒有履行自己的論點.

例如, 我一向認為台灣發展生技製藥是好高騖遠, 產業就像金字塔一樣, 沒有底層的產業怎麼可能會有上層的產業? 中低階的生技公司都做不起來, 就奢言要走高階產業? 人才哪裡來? 各個產業都一樣, 在台灣沒幾家可以跨出國際的軟體公司的情況下, 動輒想要建立 Google 或者 Facebook, 這未免太好高騖遠. 產業和市場的大小在一定程度上影響了待遇, 反而和個人優秀程度不見得有絕對的關係. 所以希望自己的專業有足夠大的產業是人之常情, 但是我們可以做什麼? 坐等政府補助? 坐等產業變大?

反過來, 我自問, 我對生物資訊的反感是為什麼? 有沒有好高鶩遠的成份在? 是不是做一行怨一行? 是不是不願意做苦工? 是不是不願意替其他人(生物學家)服務? 我現在對工作環境的不滿, 是真的因為研究上的價值差異, 還是單純的辦公室政治導致?

這些問題我都沒有答案....甚至...我也不相信自己的答案.

也許只有等到下個階段之後才清楚. 希望等到下個階段回過頭來看時, 我可以很確定的說, 我有做到自己的理念.

小記

• Ref.: 美國增長模式失靈 經濟出路何在﹖ WSJ
  

  金融行業的高薪吸引了大批優秀人才﹐而他們本來可以受雇於科學、軟件、工程等領域。這個臃腫行業對美國經濟的損害﹐超過了二戰以後任何共產主義敵對勢力所造成的損害。
  
  美國醫療體系的人均成本比其他任何國家都多﹐但並沒有造就世界上最健康的人群。在這兩個行業﹐美國的錢都花得不值當。
  
  它們為什麼變得如此之大？羅默有一個理論：金融和醫療行業的逐利者綁架了國會﹐抵制限制他們為所欲為的監管﹐並為了私利而利用過時的規則和政策。

• Ref.: 轉行後的心路歷程
  

  我在欣賞物理之中找回了自己的愛好。 從某種意義上講， 我又重新回到了孩提時代那個對物理世界充滿好奇心， 想要盡力瞭解物理學家工作的自己。 我的夢延續了下來， 只不過是以欣賞者而不是參與者的方式延續了下來。 做自己的多半隻會是二三流的工作與欣賞別人的第一流的工作同樣都是幸福的。 我不後悔以前曾在物理上付出過的時光， 因為那段時光裡的每一天都過得很充實， 而且有了那段時光， 我才可以更深刻地欣賞和理解物理前沿的工作， 我才可以真正地和我摯愛的物理相伴終生而不流於膚淺。

  有時我問自己： 究竟什麼是成功？ 如果我一直做物理的話， 我想我會對物理學有一些直接的貢獻， 對於一個熱愛物理的人來說， 那應該算是一種成功。 但除非發生奇蹟， 那種貢獻將是微小的， 多數物理學家對物理學的直接貢獻都是微小的， 並且往往是曇花一現的。 從這個意義上講， 如果我真的可以對 physics community 做一些認真的間接貢獻的話， 也未嘗不是一種積極的人生選擇。

• Ref.: 玻爾的錯誤
  

  當玻爾最終從錯誤中走出來時， 他不僅自己走出來了， 而且對來自其他人的類似想法產生了抵禦能力。 如前所述， 當量子場論被發散問題所困擾時， 狄拉克顯示出了 「科學革命綜合症」 的 「症狀」， 他的一個早期提議很接近玻爾曾經犯過的錯誤， 即認為能量動量有可能不守恆， 他表示 「物理學目前已面臨了不得不對基礎進行激烈變更的前景， 這種變更包括了放棄我們依賴最深的某些原理 (比如能量動量的守恆)， 而代之以 BKS 或與之類似的理論」。

國際閱讀週

<國際閱讀週>規則如下：拿起離你身邊最近的一本書。翻到第56頁，把第五句話貼到你的塗鴉牆。不要提到這本書。也別忘了把規則一起貼在塗鴉牆上。
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It is too easy to run aground on the shoal of encyclopedic learning, where minds incapable of orderliness -- who are restless, undisciplined and unable to concentrate attention on single idea for any length of time -- tend to stop.

不論這個活動是真是假, 有趣就好.

法蘭西斯. 柯林斯 博士 Dr. Francis Collins

今天聽到上司說 Dr. Francis Collins 很大頭, 比我們所長還大頭. 我上網查了一下. 雖然研究做的很好, 但是學術地位並不如我們所長高. 如果真的要說比較大頭的話, 大概是因為他掌管 NIH 的人類基因體計畫, 資源很多吧. (生物學家真的很在意這件事.)

在 1989年時, 柯林斯和加拿大多倫多市病童醫院(Sick Kids Hospital)的合作研究人員使用他的新技術而成功的識別為纖維囊腫症(cystic fibrosis)的基因。緊接著柯林斯的研究小組在1990年找到了負責neurofibromatosis(神經絲蛋白疾病)的基因. 1993年時, 柯林斯不僅辨定了杭亭頓症(Huntington's disease) 的基因群, 更被指任為接替諾貝爾獎得主華生(James Watson), 成為人類基因組計劃的第二代主持人.

Ref.: 千禧年年度風雲科學家: 系列之二 -- 聯邦人類基因組計劃主持人 法蘭西斯. 柯林斯 博士 (Dr. Francis Collins)

小記

• 清大彭明輝的部落格: 劍橋去來
  
  雖然認同他指出的問題。但是他的文章也透露出一些他的自以為是的部份，讓我對他的文章有更多保留。例如 "只能夠讀科技英文的英文程度"，卻想瞭解德法如何做哲學？ 會讓人懷疑他說的那些功底和理念他自己是不是真的有做到? 我有稍微查過他的資料, 基本上當上正教授之後, 幾乎沒有發表過論文, 而且也沒有專利之類的東西. 至少看不出在產學上有顯著成果. 他的其它文章有提到他不發論文和專利的理由. 但是我是半信半疑(也不盡然認同), 畢竟會 "把話講得漂亮"的人太多了...基本上我是希望他講的話是真的. 畢竟台灣還是需要清流的.
  
  至於人文社會的東西, 我個人雖然也有這樣的喜好, 但是我更覺得身為教授, 應該先把專業做好, 站著工學院教授的位置去研究藝文, 似乎有點說不過去.
• 我的小小內在之光: Notes of Secrets of the Parthenon 《帕德嫩神廟》 - yam天空部落
  
  

  影片中提到帕德嫩神廟最大的謎團在於46根多立克柱那微妙的曲線在沒有任何藍圖的情況下，規格究竟是如何統一的？透過電腦繪圖的計算，要畫出這些高10公尺的多力克柱的曲線需要一個半徑一英里的圓規。

  這種唯凸的多立克柱的設計技法被稱為收分曲線entasis.
  

  In architecture, entasis is the application of a convex curve to a surface for aesthetic purposes. Its best-known use is in certain orders of Classical columns that curve slightly as their diameter is decreased from the bottom upwards.

  Some Roman columns are 'cigar-shaped', with the widest point some distance above the foot, but this is unusual and to most eyes unattractive.

  這個投影片有介紹現代的做法是如何設計. 不過網路上找到的解說其實有點不一致, 有些說收分曲線是頭尾細中間粗, 也有的說是下粗上細.
  
• Ref.: 事業經營必要的痛：Netflix調高主要方案資費的企圖！(上) - Inside 網路趨勢觀察

  舉另一組數字為例，Netflix於2010年前半年花美金6,100萬購買DVD，比較2009年同時期的美金8,900萬減少了美金2,800萬，但處理DVD-by-Mail的費用卻於2010年增加了美金2,300萬，DVD取得成本的下降幾乎被處理費的增加給抵消了(數字來源)。且因為Netflix使用美國郵局(USPS)的郵遞服務，近幾年因為油價的高漲，郵資只增不減，這讓DVD-by-mail的營運成本無異是雪上加霜。

  事業經營必要的痛：Netflix調高主要方案資費的企圖！(下) - Inside 網路趨勢觀察

  這次資費調整，用意很明顯，迫使消費者要由streaming或DVD-by-Mail兩個選項中選擇其一(因為兩個組合一起的方案月租費無任何折扣)。以消費者收視行為的趨勢來看，Netflix心中打的如意算盤，於預期可能部分用戶流失後，其餘最終會選擇streaming。本文一開始提及的同一個調查中，雖然有41%表態要退租，但也有35%表示就只要streaming。

• Ref.: 亞裔美國人：高學歷為何沒有高職位

  報告顯示，迄今為止，還很少有公司因為亞裔被視為“模范少數族裔”而為亞裔員工建立職業發展規劃。報告作者之一拉希德(Ripa Rashid)說，這次調查揭示了她常從員工和管理者那裡聽來的一些東西：在美國公司裡常常帶來成功的那種高調和自夸，亞裔美國人由於文化上的原因並不擅長。拉希德說，他們只管埋頭苦幹，以為就這樣就能做到高層。

  學歷跟職位不見得要拉上關係吧. 不過搞社交和政治很重要, 但在不同的文化裡, 很難掌握分寸.
  
• Ref.: 準建築人手札 討論區 • 檢視主題 - Designer as Boss 發現設計師老闆
  
  

  對於創意養成環境，林一順對台灣有更大期許，他舉例：歐洲人對Giorgio Armani的認同是一種投射，一種生活方式的嚮往，他們營造品牌是靠設計師的魅力，當品牌沒有投射對象，就失去想像力。人們去買Armani，想到的就是Giorgio Armani的一頭白髮，以及他舉手投足間的優雅。歐洲人的品牌跟行銷，抓到人們心中「我也要成為這種人」的深沉渴望。但台灣社會才剛起步，設計師如果太一廂情願認為自己也能成為Armani，「會摔得很慘」，他進一解釋：「歐洲設計師有一個共同特質，不管名氣多大，產量多少，透過他的設計品，你可以感受到那種熱情，」這才是台灣設計師該學的最重要的內涵。

演算法與 domain knowledge II

續前文

我並不是說，演算法或者演算法的訓練沒有實用價值。

雖然我會在這個部落格幹譙生物學家或生物資訊，但是我並不認為只要 CS 功力夠強就可以做好跨領域研究。IOI 的銅牌 vgod，跑去做 人機界面，但是這個領域似乎想法比編程功力重要多了(？)

我本身沒參加過 ACM-ICPC 或者 IOI，雖然我認為這些解題技巧的訓練是非常有用的，但是在職涯發展上到底有多大優勢，我覺得很難說。姑且不論蠻多人都認為這些競賽者為了贏得比賽，通常被訓練出不好的編程習慣；解題技巧本身的進步和退化是跟使用有關的頻率有關，當投入另一個領域之後，所需要耗費的精神勢必減弱原來的解題能力。

如果研究主題有越多 domain knowledge，基本上解題技巧的重要性就逐漸被淡化。在努力補上需要的知識的過程，某些東西就勢必要放手。最後會是選擇平衡點的問題。例如(20%生物,80%資訊), (40%生物,60%資訊), 或者 (30%生物,70%資訊)。

我的立論就是這麼簡單，只根據一個假設：心力守恆。

演算法的訓練所能帶來的優勢，我覺得跟選擇的題目更有關系。假設做理論性的題目，像是 phylogenetic tree 或者 rearrangement 的演算法，我想演算法訓練非常重要；但生物資訊發展已經數十年，做這類題目的學者也都不是軟柿子。我不認為在這方面佔得到便宜，畢竟者這種題目也就等於演算法研究了。

我想這也是『演算法與 domain knowledge 孰重』這類主題始終沒有定論的原因。不同的跨領域研究/產業 需要不同的技能組成與比例。或許在大型產業或公司中，會有專重演算法的單位，但是談到『優勢』，這也和投入的時間以及當時的人力組合有關。

演算法與 domain knowledge

最近有個做演算法的學弟寫信來問我: 做演算法的人在生物資訊上有沒有優勢.

看到這個問題有點不知所措, 我不覺得自己夠資格回答. 只能就個人經驗簡略表達意見.

最大的問題還是在於, 上班的公司或單位, 多重視演算法開發這個部門, 願意讓做演算法的人花時間去解決問題. (不見得能解決, 例如證明出來是 NP-Hard, 這對公司來說可能沒啥意義. 但是 Approximation 或者 Heuristics 的解法可能又不能接受時, 最後還是要嘗試暴力解.)

在生物資訊上來說, 基本上大多數我看過的研究還是處於套用不同的技巧並整合不同的生物知識居多, 實際開發新的演算法的研究基本上是少數. 以我自己有限的經驗, 大多是做工具和處理資料, 如果碰到很難的問題, 通常會被要求繞過去或者放棄.

再者, 演算法的子領域很多, 平行演算法, 近似演算法, 字串, 圖論, 計算幾何, 資料結構等等, 各有各的限制和要求, 研究字串演算法的人, 不見得熟悉圖論演算法, 而研究 exact algorithm 的人, 不見得抓得到近似演算法或者 Heuristics 的設計概念. 所以有 n 年資歷的演算法學者跳去做應用時, 比起該應用領域有 n 年資歷的學者來說, 實際上有多大的優勢, 我是有點存疑. 當然對於強者演算法學家來說, 可能沒差, 反正什麼題目對她們來說都是信手拈來.

至少我看到一些在生物資訊很受重視並廣泛被使用的研究成果(軟體), 大多不是在演算法上原創性很高的方法. the algorithmic lens 到底有多有用, 我也想知道.