一流的生物資訊研究 III

Ref.: Katharine Miller: "Bringing the Fruits of Computation to Bear on Human Health: It's a Tough Job But the NIH Has to Do It", Published by Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of Biological Structures

續前文。

西元兩千年時, NIH Biomedical Information Science and Technology Initiative Consortium 提出了對生物資訊和計算生物學的定義

Bioinformatics: Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data.

Computational Biology: The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social systems.

在台灣資工界, 我的認知裡, 計算生物學被大家視為是一個研究演算法的領域 -- 只是問題來自生物科學. 就像是做 Network algorithm 一樣, 資訊科學家還是在研究演算法, 只是問題來自 computer networks.

不過我個人認為這樣的觀點不是那麼適合.

Computational 是用來修飾 biologist 的形容詞, 所以這些人應該以 biologist 自居! 他們可能會發展統計方法, 演算法, 或者模擬方法, 但是問題的核心應該是在生物上面, 而不是 computational methods. 也就是說, 他們應該在意的生物意義. 就像 Molecular biologist 是分子生物學家, 他們在意的是生物問題, 而不是物理或化學. 他們的工具是分子相關的技術, 而他們是為了更了解生物的奧秘而去發展新的分生技術.

在這個層面上, 我同意 Grant Jacobs 的論點, 計算生物學家應該要有更多的生物知識, 而且應該和生物學家有更多合作.

By contrast, computational biology is primarily founded on theoretical science; computer science is a toolkit used to implement the theoretical concepts in a practical way. Computational biologists tend to be specialists, as they tap into specialist biological knowledge that take time to build up.

李文雄教授在 Phylogenetics 方面的研究和 Hamid Bolouri 在 simulating genetic regulatory networks 上的研究應該算是好例子.

但是, 讓我覺得不太舒服的是一種廣為流傳的態度 -- 生物資訊的存在就是為了幫助生物學家. Grant Jacobs 就提到

At a recent bioinformatics meeting I attended, a senior experimental biologist from overseas commented to the effect that it was hard for bioinformatics researchers to build their own careers, to publish their own papers. My take on his comment was that he was referring to the tendency of experimental research to treat the bioinformatics as a service, seconding the work or linking to service centres, rather than treating bioinformatics researchers as collaborators, stand-alone groups in their own right.

老實說, 我不太明白為什麼這些生物學家自認為高人一等? CS 的就業市場和薪資都比生物學家高多了, 資訊科學家實在不需要紆尊降貴來服務生物學家.

不論是計算生物學或者生物資訊, 我相信他們的主要目的是 "輔助生物學研究", 而不是 "輔助生物學家". 這兩者不是等價的. 就像當年在 Niels Bohr and Erwin Schrödinger 鼓吹之下, 許多新一代的物理學家和化學家紛紛投入生物的領域, 難道他們是幫生物學家開發實驗技術而已嗎? (實際上, Alan Turing 和 Claude Shannon 都研究過生物學, 不過我不知道他們的動機是什麼XD 不過有興趣的人可以去讀一讀 Searls 的 The Roots of Bioinformatics)

老實說, 被視為是 service 而不是 reinforcement 這點讓我覺得不太舒服! 每一個領域的學者都有他們自己的研究興趣. 雖然我不認同逐 funding 而居的研究態度 -- 藉由生物資訊的名字去申請生物科技的 funding 來做與生物關聯性很低的研究. 但是跨領域"合作"是需要互相尊重的! service 這個觀點我不是太能接受.