你被情人拋棄時的反應為何

Ref.: ♦你被情人拋棄時的反應為何 - 這是Reeto的部落格 - Yahoo!奇摩部落格

我是在 facebook 上看到的，但是要點『讚』才能看答案，很麻煩，就 google 了一下。但是真實出處我就不知道了。

Q：到信箱拿信，沒想到信箱裡面，居然被沒有公德心的人丟了一堆垃圾，真是氣得半死，這時的你，會如何處理掉這些垃圾呢？



1.自認倒楣，拿回家去丟掉

2.直接丟到地上去

3.找找看附近有沒有垃圾桶

4.偷偷丟一點到各家的信箱去



















★測驗分析★


選擇「自認倒楣，拿回家丟掉」的人

心情非常的難過，但會選擇自己一個人默默的承受，你是一個善良的人，只要愛過一個人，就可以包容他的一切，即使他曾經傷害過你，這樣的想法，使你容易去原諒一個人，因為本質上你是個良善的人。


選擇「直接丟到地上去」的人

心情非常的憤怒，恨不得要對方馬上付出應付出的代價，雖然你會在腦子仔細盤算如何修理他，可是只要對方哀求，你可能又馬上心軟，復仇計畫也跟著告終，真是浪費腦袋。


選擇「找找看附近有沒有垃圾桶」的人

當分手時，你最想知道的就是到底為什麼，你不能接受模糊的理由，一定要對方給你很明確的說明，因為你會仔細考量自己可不可能改進，再想要不要去挽回這段感情，可是戀愛是談愛不是談理，理由其實只有一個，不愛了就是不愛了。


選擇「偷偷丟一點到各家的信箱去」的人

當分手時，你的第一個反應就是不能接受，你可能會給自己一個牽強的藉口，對方只是一時的迷失，還是愛你的，甚至需要這樣的理由，給自己一個生存的動力，可是這卻是自欺欺人的做法，請先接受這個事實，不要再苦苦糾纏對方吧。

下載行為

隨著時代改變，下載電影和音樂這種行為是否屬於違法，已經越來越模糊了。

雖然德國最近選擇站在版權商那邊，但是瑞士和荷蘭似乎偏向默許下載電影和音樂的行為。

瑞士政府認為，娛樂產業反對所有的技術創新，是出於對於自己商業王國將會倒閉的恐懼，這並非面對環境改變的良好態度。這份研究報告還檢視了一些反盜版法，以及其他國家近期對盜版採取的手段。研究指出，法國今年就花了 1200 萬美金（約 3.6 億台幣），瑞士政府認為這筆金額太過高昂。

因此，瑞士政府給娛樂產業的建議是，他們應該適應消費者行為的改變，否則就等著倒閉吧。他們完全看不出有任何必要修改法案，因為無法證明下載行為對於對於國家文化產業有任何負面影響。

這也無怪乎賈伯斯可以榮獲音樂界殊榮 Grammy Trustees Award。

Coders at work

最近在看 Coders at work 這本書。內容主要是訪問程式設計師，雖然裡面有一些是學術界的大人物，但是主要的篩選標準是他們必須投入很多時間在寫程式上。

這是很有趣的一本書。但是這些程式設計高手有這麼類似的觀察和心得，似乎也讓人懷疑作者在選擇這些『大師』時有所偏頗。例如大部分的受訪者都喜歡 Knuth 的書和 literature programming，大部分的受訪者都不喜歡 C++ 等等。這也太湊巧了吧。不過還是一本很不錯的書。

另外，第十三章有非常值得八卦的內容。第十三章訪問 Fran Allen, 她是 Turing Award 得主，主要貢獻是在編譯器設計、程式碼最佳化和平行編譯等。她在 1957 加入 IBM，差不多是和 Fred Brooks 同時期。(輩份真是高阿)

她在訪談中提到，她認為早期(打卡時代)的程式設計師，很多都是女性，但是隨著時代進步，這些女性並沒有獲得相對應的尊重和適當的升遷管道。她提到 Edith Schonberg 的idea 就曾被剽竊；此外，甚至有的人剽竊了女性研究員的成果，後來還成為了 Turing Award 得主。這真是超級八卦，而且難以想像。

生物資訊的出路

之前去某大學演講，台下的指導教授在介紹我時，提到了我跟生物學家合作的經驗導致我努力思索生物資訊的定位與出路。或許是吧，至少就字面上來看，我寫了好幾篇文章討論這個議題(或者僅僅是抱怨？)但我其實沒想那麼多，我想的只是自己和實驗室同儕的出路。

從學術研究的角度來說，我之前寫過很多，至少我目前的觀點是：只有在符合下列任一條件下，生資才是值得一做的：

• 熱愛生物
• 把研究當成工作，反正能畢業或者比較容易畢業就好。
• 有大頭罩著

從就業出路來說，生醫相關產業要先起來，才能談生物資訊產業。 最近宇昌案的新聞就蠻值得我們思考的。(相關鍊結附於文後)


Ref.: 法蘭西實驗室: 宇昌案雜感（1 , 2） - yam天空部落


每一段看起來都很合理，但是合起來看就覺得很奇怪。這篇文章的前提好像是 -- 『台灣一定要發展生技製藥』。但是為什麼要發展？卻沒有說明。很多關於生技業的討論也都是這樣；先歌頌一下半導體業在 20 世紀的蓬勃發展與成熟，然後話鋒一轉，說二十一世紀是生醫的世紀，但是完全說不出為什麼XD

以前我看了一些生技創投的報告和書，老實說，在我看起來，跟當年炒通訊，炒微機電，炒太陽能一樣，都是『題材』。這個需求和領域不見得會起來。我是不覺得蔡英文在這件事上有什麼大的道德瑕疵啦～～但是感覺好像是被那些學術大頭耍得團團轉就是了......(不過馬英九推的四大慘業好像更讓人欲哭無淚)

就像這篇文章寫的一樣，創投就是逐利而居，要不到錢一定是有理由的。但是生醫製藥對這些大頭來說就好像是聖杯一樣，只有做這個才夠偉大。

美國光是一些實驗設備或者藥材公司就超多，台灣這方面有發展過嗎？這就好像我們只有導演和演員，就想拍出好萊塢等級的電影一樣～～。就算有特例成功，我覺得這個產業也起不來阿，沒有好的特效，沒有好的服裝，沒有好的編劇，沒有好的剪接，沒有好的配樂 --- 一心想著，只要有資金到位，我靠演員和導演就可以拍出好萊塢級的電影。

• Ref.: 當科學家遇到企業家（三）陳良博的感言 - 七葉膽的網誌 - udn部落格
• Ref.: 自由電子報 - 《星期專訪》污名化宇昌 楊育民：誰敢幫台灣做事
  
• Ref.: Forecast Error: From TaiMed to National Development Fund
  
• Ref.: 〈今周刊〉宇昌案投資十大疑點全解密 新聞_鉅亨網
  
• Ref.: [爆卦] 給忙碌人的宇昌案懶人包
  
• Ref.: 醫學研究結果為何難以複製
  
• Ref.: 關於宇昌案, 一個生技人的小小看法.... part 1,2,3 - 卡提諾 論壇|討論區
  
• Ref.: 宇昌案 - 维基百科，自由的百科全书

學術期刊出版品的價格

Ref.: 資訊人權貴ㄓ疑: 學者的智慧, 期刊的財產, 圖書館的業績...或是負擔?

領取大學薪水的學者, 他們的智慧, 到底應該是自己的財產, 或者應該是公眾的財產? 這是值得 另文討論 的另外一個問題; 但不論怎麼硬拗, 「大學教授的智慧, 應該屬於期刊出版社的財產」 只能說是一個荒謬至極的答案 (客氣文雅的措辭) -- 特別如果這個充滿智慧的答案出自大學教授、 大學校長乃至學術大老之口。 網際網路的出現, 讓學術期刊出版社的存在失去了意義, 或者至少必須大幅縮編。 資源有限、 採購清單無窮的圖書館界明白: 花在採購學術期刊上面的錢, 是一種負擔;

我自己在圖書館打工蠻多年的。購買這些期刊資料庫真的是一個很沈重的負擔。我認為學術期刊出版品這麼貴，至少有幾個原因：

• 編輯印刷等製作成本
• 流通庫藏等營運成本
• 銷售量太低

以第一點來說，很多學術期刊都已經要求學者自己編輯，他們都會要求投稿者自己先把格式編好，例如牛津大學出版社的 bioinformatics，至於表格和圖片，常常也是作者自己畫好。出版社再做一點編修而已。(但是很多出版社會在這個階段跟作者收錢) 例如下面這兩頁，分別是取自 1984 年和 2009 年發表在 J. ACM 的論文。





這兩張圖的品質差距，與其說是出版社美術設計的差距，不如說是桌上型電腦的美術編輯軟體的進步造成。再加上現在沒什麼人還看紙本，印刷等等的製作成本，其實可以省略，至少應該有更省錢的作法。

以第二點來說，就算完全電子化，還是有資料庫管理的需求，這個倒是省不了。至於第三點，既然成本這麼低廉，而且大多是以圖書館訂閱為主，銷售量就不是太大的問題，所以現在這些學術出版社還用這麼高價的價格出版刊物，實在很不合理。就像文中所說，很多時候，作者們(authors)沒有拿到錢，審查論文的人(reviewers)並沒有拿到錢，甚至期刊編輯(Editors)也沒有拿到錢，所以實際上的成本應該遠低於他們的收費，在這種情況下，還沒有新的公司切入這個利基點，我實在覺得很難理解。

ACM Fellows, 2011

Ref.:ACM Names Fellows for Computing Advances that Are Driving Innovation — Association for Computing Machinery
Ref.: The Geomblog: ACM Fellows, 2011
Venkatasubramanian　教授把理論學者挑了出來。

Serge Abiteboul
Guy Blelloch
David Eppstein
Howard Karloff
Joe Mitchell
Janos Pach
Diane Souvaine

這些人裡面我比較有印象的大概只有　David Eppstein　和　Janos Pach.

What is a Breakthrough?

Ref.:Computational Complexity: What is a Breakthrough?

之前矩陣乘法的新結果引起很多關注，很多人說這是一個新突破，但是也有人說這只是一個 incremental improvement。定義突破不是這麼簡單的事，就像很多人對 Steve Jobs 偉不偉大爭論不休一樣。這篇文章建議的參考標準可能並不周全，但至少我覺得還蠻值得參考的。Virginia Williams 用了很複雜的分析技巧將時間複雜度 O(N^w) 的 w 從 2.3755 降到 2.3727，這算是突破嗎？我是認同 Gowers 的觀點，畢竟突破可以有大有小，我想這算是一個值得欣喜的小突破，至少讓人覺得這個題目還沒被做死，算是個重要的中繼點吧。

小記

• 今天去聽了吳泉源教授的演講《科技發展需要社會學嗎？》
  
  一開始，吳教授先播放 discovery channel 頻道製作的紀錄片《改變世界的賈伯斯》，然後從蘋果電腦的旋風談起，闡述台灣科技、產業、與社會發展面臨的挑戰，以及未來台灣所需的人才之特質。我本身從不懷疑要發展科技必須要有人文社會學的素養，但是這個演講的主題主要環繞著個人特質的培養，然而，由於現代專業分工制度，很難達到真正的通才，頂多是有第二專長，在這種情況下，跨領域產業/研究下匯集的各類人才要如何合作，是非常困難的問題。不過我很贊成他們希望學生多接觸不同族群的建議。雖然我一向不是那種喜歡和人群接觸的人，但是理解各種不同的族群和文化(未必是指不同國家不同種族，其實只要是不同領域不同社會階層也都有很多不同之處)，我認為對這個世界更多元的認知，有助於對建構自己的價值觀，也更有勇氣走非主流路線。
• 最近在看《資訊：一段歷史、一個理論、一股洪流》，裡面提到了一個我之前沒注意到的是，計算機科學的先驅(先知?) Charles Babbage 不但是英國皇家學會會士，也是盧卡斯數學講座教授，曾任該講座教授的還有 Isaac Newton, George Stoke, Paul Dirac, Stephen Hawking 等人。在這裡該書有一點小錯誤，書中說 Babbage 的前任是 Newton。這是錯的。兩人相差大約一百年，這件事不可能發生。
• Ref.: 四問王雪紅為何寧蒸發千億元也要併購S3 :: 今周刊
  

  儘管整樁交易案背後，出發點多來自宏達電與蘋果訴訟的考量，但不可諱言的是，Ｓ３在賣給宏達電後，Ｓ３手中二三五項專利劃分給了宏達電，但Ｓ３上海研發中心，與大陸、台灣分公司，都仍然歸屬威盛所有，尤其是Ｓ３上海研發中心擁有數百名研發人員，這實在很難說服大眾，宏達電花大錢買到的不是空殼公司。
  
  更特別的是，威盛雖然高價賣掉了Ｓ３，卻仍擁有這些專利的使用權，雖然威盛與宏達電沒有競爭關係，但此項交易案獨厚威盛，讓威盛占盡便宜，也等於是用目前產業地位如日中天、現金充沛的宏達電，拉抬虧損多年的威盛，對投資宏達電的股東來說，尤其是持股最大的外資來說，恐怕心中仍存有不少的疑慮，難怪會有長期支持宏達電的外資說，「我們無能為力，只能含淚支持。」

  雖然之前 HTC 股價超高，但是想到王雪紅之前經營 VIA 的方式，我一直很不看好~~~。
• 我回來快一個月，最大的習慣改變就是，零食只買 義美的。我是不太在乎健康的人，但是我比較像是想支持一下好公司而已。就像某些人會買 body shop 的化妝品一樣吧 XD
• 今天開會，聽到李家同老師說了一個小八卦，清大新的台達館是鄭崇華掏自己腰包捐2.2億元，而台積館則是台積電捐錢，張忠謀本人則沒捐。

《魔球》 Moneyball

• 一個人單挑全世界的槓桿遊戲 「魔球」 2011/11/14 @ 喬小夫。私領域 :: 痞客邦 PIXNET ::
• Moneyball電影 (錢球/魔球)以及A's 2002年選秀回顧 @ A's大象的森林綠 :: 痞客邦 PIXNET ::
• Orzmovies彌勒熊電影網~電影就是Orz~^^ » ㄚ今影評 : 【魔球】化不可能為可能！
  
• 《魔球》不靠成敗論的英雄 | 　火行者的電影部落格　 | firewalker | NOWnews 部落格
  
• 捕手的接補價值 By 經濟學人 @ mlkj24 :: 痞客邦 PIXNET ::
  

我一直以來都不太喜歡 布萊德比特，所以我都不太甘願看他的電影，不過我也不得不承認，他的近作《惡棍特工》和《魔球》實在是值得一看的電影。

網路上已經有很多棒球迷的影評，再加上我個人不太喜歡棒球，所以我不打算從運動的角度去探討。

對我來說，這部電影所有的元素之中，『進步』是最吸引我的概念。『進步』的意思並不是說傳統派不好數據派才是科學，而是指引進並執行新想法。就像在電影結尾，有錢的紅襪隊老闆也打算學習運動家隊 Billy Beane 的作法，引進棒球分析來組隊，可以想見，未來這種經營方式越來越普遍，小市場球隊可以撿便宜的機會越被壓縮，而小市場球隊的薪資水準也終究要跟著水漲船高。

那麼奧克蘭運動家是不是總有窮途末路的一天？我不知道，我也不在意，因為我不是球迷。

但是我們可以預期，未來整個職棒水準會更進一步的提昇。這些資訊和技術的普及，價值並不在於幫助小市場球隊撿便宜，而是在於提昇棒球界的知識水準。我們可以更準確的瞭解球員的潛力和價值。

附帶一提，搞統計的那個助理，其實並不是一個胖子。真相附於文後。

沒骨氣的老闆

Ref.: 台灣產業大老倡議以彈性工時化解無薪假危機 - Taiwan News Online
Ref.: La Isla Bonita » 老闆一個樣

我自己家裡是做生意的。所以我一直不認同仇商心態，也不喜歡人家整天罵老闆。老闆承受的壓力和辛苦有時候不是我們領薪水的可以想像的。

但是我有時候也不禁懷疑，那些大老闆到底花了多少時間去思考經營公司，還是已經停止思考？







我覺得黑田外交官的話只要把政治家改成企業家，就可以拿來這裡用了。科科。

外交官黑田康作

Ref.: 外交官 黑田康作 - 维基百科，自由的百科全书

最近再看《外交官 黑田康作》這部連續劇，這部連續劇收視率並不高，平均收視率大約 10 % 左右，以這部劇的卡司來說，有點偏低，讓我感到蠻意外的。至少前一部《醫龍 3》和下一部《BOSS 2》收視率都在贏過《外交官 黑田康作》三個百分點以上。

《外交官 黑田康作》是少見的大『格局』作品，中間鋪陳的進展速度有點緩慢，緊張感不足，如果不是看過電影《女神的報酬》的人，我想不見得會願意花時間去看編劇慢慢描繪故事和人物。如果要說緊張刺激，我覺得《三角追蹤 TRIANGLE》就好得多，不過格局和完整度來說，我覺得《外交官 黑田康作》好得多。

不過整個主題除了批判了日本政府和外交關係之外，整個懸疑主軸放在藥物問題這點，實在讓我很意外，畢竟過去日本侵略國的身份，在這方面有不少不良紀錄。我不知道編劇是否有打算借過去的歷史來發揮，但是在我看來似乎頗有走鋼索的意味，這也是讓我大加讚賞的原因之一。我個人是蠻推薦追看這部連續劇的，只是要抱持著相當嚴肅的心情來欣賞這部作品。

研究癌症

Ref.: 童言童語 - 阿伊的Lab - 無名小站

「那...科學家都在做些什麼事啊？」

（就每天努力消耗你爸爸繳的稅金咩....）「我研究的是癌症。你知道癌症嗎？那是一種疾病。」

他突然眼睛一亮：「所以，你做的事可以治好我們嗎？」

（對啊，如果你們都是小鼠的話）「嗯，那是我們努力的方向。我們做的事可以幫醫生很大的忙。你以後也想當科學家嗎？」

我宿舍附近的超市, 也常常有舉辦捐助癌症研究的活動, 像是腦癌, 攝護腺癌和卵巢癌之類的.

因為我在生醫研究的單位工作, 所屬計畫是腦癌研究, 看到這些標語我都會覺得很奇怪 --- 我是要捐錢給自己或者對手嗎?

如果是照護體系的捐助活動, 我到沒有特別的感觸, 但是捐助研究單位總是讓我覺得怪怪的.

學術進化

今年關於學術界的新聞很多。

像是之前台灣和美國的國科會計畫經費和通過率都降低很多；Nature 也專題報導了全世界博士過剩的問題，最近又爆出了一個荷蘭學術造假案。

最讓Stapel出名的一項研究結論為，吃肉的人更易怒暴躁。此外，他還在《科學》雜誌上發表實驗結果稱，髒亂環境令人更易對他人產生成見。而這些所謂的研究和實驗如今也都可以被丟進垃圾桶了。

不過話說回來，學術造假案的新聞已經跟教授自殺的新聞差不多常見，有點見怪不怪了。這會引起公憤的另一個原因是濫用職權。

Levelt指出：「Stapel還利用他的職權來威脅年輕人。如果青年學者繼續詢問，他便放出『我擁有被信任的權利』這樣的話。濫用職權是他經常做的事。更糟糕的是，他甚至還可以說，『現在我不得不開始懷疑你是否適合讀博士』。」

會說出『我擁有被信任的權利』這種話，除了反應說這句話的人的人格之外，也反應出了這個環境其實是相當依賴『關係』的。

人治有好有壞，好的一面是管理有彈性，能夠讓有才能的人更容易跳脫出來，壞的一面是有更多私下運作的空間。在過去學術資源充裕但整個社會相對來說沒那麼富裕的時代，或許人治反而能夠增加由下而上的流動性。但如今這種學術資源緊縮且高學歷低成就的時代，人治可能反而帶來了更多鬥爭和運作的空間。

各種 impact factor 的盛行某個程度上也反應了這個狀態。但是某個程度上，這只改變了評估的公式，並沒有改變整個學術界運作的方式。各式各樣走火入魔的故事都曾傳出來過，像是交互掛名，學閥把持某些期刊，或者是某些單位撒錢做研究之類的問題。最後還是集中在人的身上而不是研究成果上。所以很多學者最近又開始舊題重彈，要改進學術發表系統。

然而與此同時，大學方面也很自然地意識到，如今的科學批判精神已嚴重減弱。圍繞這個問題無疑將展開激烈的討論，因為事實表明，如今居然有人可以在那麼長的時間裡造假欺詐，卻不被同事揭露，這的確可以被視為一大國際恥辱。

在美國這段期間，常常會聽到有 Responsible Conduct of Research 的教育課程，但是我個人是還蠻懷疑效果有多大，這種課程主要還是在告訴學生，怎樣算是 misconduct，避免因為無知而犯錯。但是對蓄意犯錯基本上是沒有任何嚇阻力。然而現在學術界這種大 PI 帶小 PI 的企業管理方式，是否真能層層把關，我倒是還蠻懷疑的。我個人還是覺得在制度上改進比較有意義。

Daniel Lemire 也撰文討論了這個問題, 也提到另一個例子, 哈佛教授 Marc Hauser. 他更直接指出, 同儕審查的效果很差, 在學術圈裡, 質疑別人的研究是一種危險的做法.

Again colleagues, journals and collaborators failed to openly challenge him: it took naive students, that is, outsiders, to report the fraud.

The real scientists, the peers of the researchers, don’t report fraud. Questioning someone’s results is a dangerous adventure.

12星座妖怪配對

Ref.: 12星座妖怪配對 - 星座本鋪 Citytalk城市通

雪女是家喻戶曉的日式妖怪，長相柔美可人，常在雪地中魅惑男性，藉由親吻取走其靈魂食用。有的雪女會愛上人類，並化身為少婦與其結為連理，藉以考驗男性的忠誠，若有背叛便將之冰封。是具有浪漫及試探性格的妖怪。

雙魚座就像雪女，常給人柔弱、浪漫的刻板印象。沒錯，雙魚座的想像力十足，本性也很愛撒嬌依賴。但雙魚座的洞察力和直覺力也是一流，一旦他發現現實社會不如預期，便會立刻強迫自己必須換成務實的姿態。然而操之過及的速度，卻會讓人覺得太過市儈（常以錢為論斷標準），或是適應不良而太愛抱怨。就像雪女一旦從雪地來到市區，定會有所不適，而無法控制情緒。

雙魚座的愛情觀與雪女如出一轍，當他愛上一個人時，會希望時時刻刻能黏在一起，可以聊沒盡頭的話題。當雙魚座陷入戀情，可以說以對方為世界的中心打轉，時時刻刻都念著對方，恨不得像雪女一樣，把愛情冰封永遠不變。雙魚座在愛一個人之前會有很多條件，但愛上的往往是條件以外的人，而且還死心塌地到失去原則的地步。

唯一和雪女不同的是，直覺很強的雙魚座對於背叛很敏感，嘴巴說受不了卻因為心軟而一再原諒，直到失去愛的感覺，或愛上另一個人才能放下。心軟和衝動是雙魚座的缺點，卻也是他能將戀愛談得轟轟烈烈的原因。

沒啥意見, 我只是覺得 牡羊的圖看起來好 A

貢獻的定義

之前清大彭明輝教授寫了一篇文章(後來刪掉了), 批評到了 Steve Jobs, 引來許多批評, 像是嚴成文教授的文章和 zonble 的文章.

對我來說, 這其實是對價值的認定不同.

一件事物的發明是一回事，但是重新賦予定義，改變現狀，變成人們更期待的樣子，這樣不困難嗎？以驚人的創造力產出了可說我們這個時代的最高工藝品，而這樣的作品又啟發了更多人的想像力，解放了更多人的創造力。

這當然是很有貢獻的事. 但是這個貢獻有多大? 這跟個人的認定有關. iPod + iTune 到底改變了什麼? 有沒有像眾人推崇的那麼偉大? 因為我對音樂沒有太多的接觸, 不敢多加評論. 但是就我的觀察, 技術/學術導向的人, 似乎比較不是那麼看重 Steve Jobs 的貢獻, 重視商品應用的人, 似乎比較推崇 Steve Jobs.

基本上, 我覺得 "貢獻" 應該是用多元的標準來評估, 就像我們不該再以學歷高低或者是收入多寡來評估一個人是不是優秀. 如果從技術觀點來看, 滑鼠的發明似乎並沒有偉大到可以拿 Turing Award, 而實際上, 滑鼠發明人, Douglas Engelbart 就是靠著人機介面的研究硬是拿到 Turing Award.

評價 Steve Jobs 的困難點在於 --- 他是一個商人. 他所執著的東西是產品, 而不是如何製造產品, 技術對他來說並沒有太大的意義, 所以從技術面去評價他, 我個人覺得是沒有意義的. 大家一直在談論他在 IT 上的貢獻, 我個人倒不是那麼贊同, 我覺得 IT 並不是重點, 應該從企業家的角度來看 Steve Jobs.

我覺得, Steve Jobs 被稱為一個資本主義的英雄, 沒有什麼不對. 資本主義和商人都不應該是個貶詞, 藉由形式創新 (iPod)或者是資源整合 (iTune) 來牟利, 這是一個優秀的商人應該做到的事. 亨利福特發明了組裝線生產模式 -- 難道亨利福特僅僅是汽車工業的巨人嗎? 為什麼要把一個優秀的企業家侷限在汽車工業或者IT工業裡呢?

Steve Jobs 強調品味和易用性, 開發出許多優秀的產品, 也讓他的產品得到非常高的市佔率以及獲利率, 光是這樣, 就足以讓他成為一位資本主義的英雄了. IT 不 IT? 重要嗎?

非關命運：職場抗壓性 如何撐到底?

Ref.: I20111024 非關命運：職場抗壓性 如何撐到底? - YouTube
唐老師談抗壓

• 基本宮：責任感和自我要求(想做到什麼職位或者什麼事)會讓他們撐下去。
  
• 固定宮：對不安定的恐懼和職場中有在意的人會讓他們撐下去。
  
• 變動宮：想要的東西，像是錢，人脈或者是成長之類的，如果錢很多他會撐下去。

唐老師說 :變動星座，只要是他想做的事，抗壓性無限大。但是如果他沒興趣或者覺得不值得，他就會生氣，會碎碎念。

豆芽？

最近在閱讀 3%的超越 一書。杜書伍強調的東西和一般的企業家不太一樣，有的人強調紀律，有的人強調眼光，但是杜書伍強調的是細節, 經驗和累積。

這剛好也是這半年相當糾結我的事情。

花了兩年在這邊，到底學到什麼？到底有什麼意義？我的不滿到底是我不適合這個領域？我不喜歡所以沒有熱情？還是我太過任性？

第一種豆芽現象，出現在個人能力的培養上。職場新人初學一項專業，由不會到熟的階段，大致能掌握專業的「形」，學得快的話，很快就會覺得「學會了」，隨後，即急於轉進其他領域，卻同樣只學到「形」就急於轉換。表面上看來學了很多，其實都只學到該行業的「常識」，真正要用時便不堪一擊。

我經常用等公車來比喻實力和機會的關係。你一定要走到公車站，車子來了，才搭得上去。我們遇到的情況，大都是到了公車站，必得等候片刻，車子才會來；另一種幸運的情況是，到了公車站，車子隨即過來，這樣的機運相對微小；還有一種狀況是，離公車站只差6、7公尺，車子來了，你當下跑步追上公車；而如果你和公車差距20公尺，那班公車你是搭不上的。

這種想法，正是我按耐許久的原因。如果沒有花足夠多的時間接觸，可以說瞭解這個領域在幹麼嗎？這些日子的見聞，我只能說，我在這個領域待得不舒服。雖然我不知道我是因為不適應而想離開，還是因為不喜歡而想離開。但是不管怎麼說，我需要離開這個領域休息一下。好好想想我下一步要幹麼。等沈澱之後，我想我才知道自己到底是不適應還是不喜歡。

小記

• Glencora Borradaile » Journals ranked by turnover times: now with colour!
  相當有趣! 看起來投 SIAM computing 很不划算, IF 和 JACM 比起來差了 0.88, 但是審稿時間卻好像沒差 XD (事情當然不是這樣看的 XD) 不過 CS journal 的審稿速度真的要再加速一點, 這被人詬病很久了.
  
• Dark Energy FAQ | Cosmic Variance | Discover Magazine
  Nobel Prize for the Accelerating Universe | Cosmic Variance | Discover Magazine
  【2011諾貝爾】物理獎：閃亮「星」發現 « CASE PRESS
  

  過去十年間，學者觀測了宇宙的大規模結構和宇宙微波背景輻射（cosmic microwave background radiation，意即大爆炸後殘存的餘暉），而觀測結果也都指出宇宙中大部分的能量仍未被偵測到。現在天文學界普遍相信，宇宙中大約有73%的能量都投入在「宇宙加速」中；這些力量也就是大家所稱的暗能量（dark energy），目前我們仍所知甚少。英國卡地夫大學（Cardiff University）的天文物理學者彼得．寇爾斯（Peter Coles）說：「我們發現的到底是什麼，沒人能確定。」

• Ref.: BLOSUM62 miscalculations improve search performance
  

  This case is noteworthy for three reasons: first, the BLOSUM matrices are ubiquitous in computational biology; second, these errors have gone unnoticed for 15 years; and third, the 'incorrect' matrices perform better than the 'intended' matrices.

  很搞笑的狀況, 算錯了結果跑得結果還比較好XD
  
• Ref.: Bye bye, Impact Factor… | Naturally Selected
  我比較有興趣的是 ferdinando boero 給的 comment
  

  They are more than 2000 but there is neither a single zoologist (maybe one will get there soon, but just one) nor a single botanist. There are lots of medical doctors and lots of molecular and cell biologists. Just a couple of ecologists. This means that there are not only top scientists, there are also top disciplines. If you are good you work in medicine or in molecular or cell biology. The rest is crap. Can we really afford such a narrow focus on the life sciences?

• 又一個大師掛掉了.....嗚呼。John McCarthy 是人工智慧的大頭, 發明了 Lisp。對很多 Functional Programming 和 AI 的迷 來說，應該是很沈痛的損失吧。
  
  
  
  
  
  
  

吉田松陰

喜歡幕末和明治維新歷史的人，對吉田松陰一定不陌生。

今天在看 NHK 的龍馬傳，我很訝異的他們居然找 生瀬勝久 來演吉田松陰。



他是個好演員，但是吉田松陰是很年輕的思想家，並不是老年人阿，生瀬勝久都已經五十了。而且他在我心中，禿頭警部補矢部的形象實在太強烈了，哈哈。

R.I.P. Dennis Ritchie

Ref.: C programming language inventor Dennis Ritchie dies at 70 | Electronista

Just one week after the tech industry was hit with the news of Steve Jobs' death, computer scientist Dennis Ritchie​ has also passed. The unfortunate news was announced by friend and colleague Rob Pike, who notes that Ritchie died at his home after a "long illness." The 70-year-old Harvard graduate and veteran of Lucent Technologies and Bell Labs was credited with authoring the C programming language.

Dennis Ritchie 過世了。這位大師大概是 J. Watson 那個等級的吧。哲人日已遠，典型在夙昔。

Jobs -- PC 世代最後的英雄

Ref.:汽車業呼喚喬布斯 - FT中文網

汽車誕生125年以來，亨利•福特、阿爾弗雷德•斯隆、豐田章一郎，都是可以比肩甚至超越喬布斯的巨人，在那個群雄輩出的時代，在那個充滿夢想與激情的歲月，誕生了一大批開創汽車歷史、指引汽車未來方向的人，卡爾•奔馳、標緻、大衛•別克、阿涅利、本田宗一郎，如果你願意，我還可以羅列出一串長長的名單來。

Ref.:1-555-CONFIDE - 自由軟件與 SJ

RMS 對電腦世界的影響，可能比 SJ 更要強大。沒有他發起的 GNU project 及 GPL ，現今的資訊世界不如現在的多姿多彩。這一點絕不跨張，全世有超過一半的伺服器及數據庫使用 GNU 作業系統。蘋果的 Xcode 都要用 GCC 作為編譯器， OS X 也包含了不少 GNU Base System 的套件。3 分別是，要是 RMS 有天不幸辭世，他並不會像 SJ 般受到各方懷念。

這兩個人不太適合相比較。Jobs 是資訊產業的英雄式人物，但是他算不算得上偉大？我覺得還有待後人給他『蓋棺論定』。Stallman 則是資訊世界的傳奇人物，更偏重思想和理念，不同的層級比較起來沒有意義。

Apple 的確帶來很多有創意的產品，但是對我來說這些產品並沒有改變人的思考和行為。Google 改變了人對資訊的價值的看法，以及使用 Internet 的習慣；相較 iPod 只是更加輕薄好用的 walkman。Jobs 或許給 IT 產業帶進了審美和品味，這我不否認，但是就像這幾天緬懷 Jobs 的文章一樣，談到 Jobs 個人魅力的居多，談到他們的產品的影響力的就很少了。

我個人認為 Jobs 影響力最大的產品應該是 iPod + iTune。很多人說它對音樂產業的影響很大，但是我認為 Napster 等軟體的影響更大，iPod + iTune 更接近壓死駱駝的最後一根稻草。Jobs 能做出這樣優秀的產品，是靠水到渠成的時間點，以及在該時間點之前就付出的努力。

這些成功不是憑空得來，也是靠推出了許多失敗之作才累積出這個功力。在資訊世界的史詩中，我不認為 Jobs 算得上是偉人或者先知，但是我想英靈殿裡有他的位置，他是 PC 世代最後的英雄。

小記

• Ref.: 低碳生活部落格: 綠建築走訪-西雅圖 跨越公路的綠帶公園
  

  徒步在公園裡與在高速公路上觀看它的感覺真的很不一樣，當我們踏進Freeway Park時，很難想像這是一個空橋公園，而且它跨越大約十個車道寬的公路。這是現代主義建築大師勞倫思‧哈普林(Lawrence Halprin)利用地景與城市景觀的結合，所建造的一座占地2.2公頃，延展東西區的景觀公園。

  坐公車時常常經過，但是沒有特別注意過，下次可以去走看看。
• Ref.: 普通人的自由主義: 男性的終結
  Ref.: The End of Men - Magazine - The Atlantic
  

  Rosin舉十五個未來最有潛力的行業裡，只有兩個是男性還有優勢的：清潔工和電腦工程師。其它像是教育、醫療護理等，都是女性佔優勢。而在經濟大衰退的情況下，比較靠著肌肉的行業，像是營造業和製造業，偏偏在美國都是最慘的行業。在美國每五個就業年齡的男性，就有一個沒工作。1950年，這個數字是每20個有一個失業，改變不可不謂不大。

  這是說 電腦工程師是一個很man的工作？還是 電腦工程師跟清潔工差不多？(雖然說除蟲都是我們的工作....)
  
  就我所知，很多女生不適應程式設計的工作，不是因為腦力消耗或者體力消耗，而是因為和人的互動太少，沒機會說話。哈哈。這種情況，是這個工作環境有問題？這個工作的特性？還是性別歧視？之前一些關於女性在科學界比較少或者賺得比較少的新聞，常常會引起我從另一個角度的提問：會不會這個工作環境比較差，所以收入比較高？
  

  They also note scientifically talented women's tendency to prefer careers that emphasize "people as opposed to things" and therefore to enter such fields as medicine and biology rather than computer science or physics.

  當工作環境改善，人與人之間的溝通變多，工時也正常化之後，這些工作還需要用高薪來吸引人嗎？
  
• Ref.: InnoNation Reloaded:貿易與奴隸：責任投資的興起 - 樂多日誌
  

  其實，遠在1761年貴格會就達成一個內部共識：基於「上帝之前人人平等」的信念，廢除奴隸制度乃是基督徒的責任。等待到1783年，貴格會趁機向英國國會提交了一份由近三百位教友連署的請願書，然後在1787年成立「廢除奴隸貿易委員會」（Committee for the Abolition of the Slave Trade），聯合其他的教派，來推動廢除奴隸貿易的國會遊說。當英國國會於1791年否決了「廢除奴隸貿易法案」（Slave Trade Act），委員會決定該是繞過國會的時候了，遂於民間發起拒買運動，在國家無能禁止奴隸貿易的情形下，召喚大眾直接抵制以奴隸勞動所生產的糖。當時糖在英國仍是奢侈消費品，主要進口自加勒比海地區，生產於以黑奴為勞動力的甘蔗園。

  大部分我們比較常看到的新聞是，宗教對現代科學的迫害或排擠，但我一直對宗教界對現代文明的正面影響感到好奇。最有名的例子是新教倫理與資本主義，另外像貴格教派也是一個好例子。
  

Exogenous microRNA

Ref.: Lin Zhang, et al, Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA, Cell Research, 20 September 2011

這篇大陸的研究，剛好和我與學長在西雅圖某單位研習的那段時間有點關係。那個時候學長的上司發現了可能有 Exogenous microRNA。所以做了 NGS 實驗，要我幫忙分析，而且學長和工研院合作時，也發現了類似的現象。如果說外界的 microRNA，可以透過某些途徑，像是食物攝取，來影響人的基因調控，這就變得很有趣了。

很可惜的是，一方面團隊中某些人似乎並沒有太把這個方向放在心上，另一方面他們的實驗設計有問題，所以進度一直在原地打轉。

就這樣拖著拖著，別人就把這個發現發表出來了。我看到這篇論文當天就轉寄給大家看，後來學長的上司還寫了一封信給相關研究者，表示非常遺憾之類的。

我和學長的立場是認為這不太可能是真的，畢竟 microRNA 這麼短，在加上 NGS data 準確度還很有問題，根本很難判定這是不是雜訊。所以那個時候大家的想法是認為這也有可能是樣本污染之類的，這也花了我們不少時間去分析資料。可是詭異的是，在實驗設計方面，他們一直用一些拐彎抹角的方法去驗證，我和學長有討論建議一些簡單的實驗設計可以直接看出結果，他們雖然認為可行，卻不願意採用。

這也是讓我在跨領域合作失望的經驗，當他們對資訊人做的東西有意見時，常常指手畫腳；但是反過來我們的意見卻常常被忽視，好像要他們做個 PCR 之類的分子生物學基本實驗也是不合理的要求一樣。

我和學長的研究雖然不直接和這個題目相關，但是我想如果這個題目進展順利的話，我們現在的想法應該不至於會那麼排斥和生物學家合作吧。(雖然說不是所有的生物學家都這樣，但是目前為止，我還真沒有讓我覺得愉快的合作經驗。)

人需要出走嗎?

最近友人在 facebook 上貼了蔣勳的一篇文章 人需要出走. (找不到原文出處, 是否偽托蔣勳作品都不確定, 但我把原文附於文後.)

某位部落客友人很認同地寫下這段話

所謂出走就是遠離習慣的環境去看看其他生活的可能，侷限在台灣的旅行還是在同一個框架內。邏輯上的認知跟實際走過一遭的認知是截然不同的兩回事，好比我早知道印度很窮，但實際走訪才「較為理解」所謂的貧窮是怎麼回事，那是台灣的人難以體會的。

出去玩就出去玩, 沒啥不好, 能感受到什麼都是自己的收穫, 能收穫到什麼是看個人心性和造化. 旅遊只是提供改變的可能性的一種方法, 不高於別的, 也不低於別的.

要了解台灣哪裡窮, 也不是在台灣旅行就可以的, 旅行的功能也不僅止於此而已. 拿來相比真的沒啥意義。而且旅行者常常想要看一些有地方特色的東西，反而忽略了一些大眾特色的東西，但是這種大眾特色的東西，像是連鎖餐廳，不是更能表現出那個國家的現狀？門牌地址編碼原則也是一個很好的例子，這些東西是常見但反而不會被重視。然而這些冰冷冷的制度面，是不是更系統地呈現了當地國族文化特色？

[轉載] 蔣勳：人需要出走

其實我不太講旅行或旅遊，我常常用的一個字是「出走」。人在一個環境太久了、太熟悉了，就失去他的敏銳度，也失去了創作力的激發，所以需要出走。

我在七O年代在歐洲讀書，那時候我寫關於文藝復興的藝術史，老師問我，「你有沒有去過義大利？」我說還沒有。他說，「你沒有在米開朗基羅的雕像前，熱淚盈眶，你怎麼敢寫他？」後來我在義大利跑了一個月。身上就是一個背包，兩件襯衫。我也曾經睡火車站，那時候坎城的火車站是一片年輕人睡在裡面。他們問我，「你怎麼沒帶報紙？要鋪報紙的。」他們就分給我。早上五點，警察帶了一大桶的咖啡，噹，噹，噹，敲著桶子，叫醒大家，請大家喝完咖啡離開，火車站要營運了。

不要問該準備什麼？先問你愛什麼？

歐洲有種青年出走的文化。我在翡冷翠（編按：義大利佛羅倫斯）認識十四歲的蘇格蘭小孩，帶個氈呢帽，打掃廁所一個學期存的錢，就到歐洲來旅行。花完了，一點也不害怕，就去街上吹蘇格蘭風笛，再繼續下一段的旅行。我那時候感觸很深，不同的文化，年輕人可以這麼不一樣。他們將來長大以後，擔當的事情也絕對不一樣。我們宋朝詩人柳永說，「今宵酒醒何處？」中國文化裡面本來有這個東西。可是這個文化老了，失去了走出去的勇敢。年輕人的生命力沒有了，生命力消失了。

我希望壯遊，帶動的是年輕人走出去，打出一片天。如果今天不能打出一片天，將來一輩子也不會有出息。很多人要去歐洲，都會覺得我在歐洲很久，就會來問我：「我要去歐洲，要準備什麼？」我就會反問他，「你覺得你要去做什麼？」當你自己很清楚要做什麼、意志力很強的時候，所有困難可以一層層克服。我們今天小孩的準備，他們的信用卡、語文，絕對比當年拿著商品樣本在歐洲闖的台灣商人好，但是他們就是走不出去，因為他們的安全感。甚至有人好幾年都在問，但最後就是走不出去。

其實壯遊有一部分，是先走出去再說。

我常常跟朋友說，《西遊記》孫悟空那麼厲害，他一翻筋斗就是十萬八千里，那他去取經不是很容易嗎？為什麼是唐三藏取經？因為孫悟空沒有動機，而唐三藏有動機，雖然沒有取經的能力。但是動機是比能力重要的。沒有動機，根本就沒有出發點，連起跑點都沒有。只要有動機，都很棒。最怕的是無所愛。如果年輕人想要走出去，我會問他，「你愛什麼？」如果喜歡搖滾，要去玩重金屬，想要跟樂團，我都覺得很好。此外，「壯遊」的「壯」字，不只是炫耀。壯這個字，包含了一個深刻的，跟當地文化沒有偏見的對話關係。

旅遊是很大的反省，是用異文化，去檢查自身文化很多應該反省的東西。比較裡面，才瞭解文化的不同，沒有優劣。就像寫《裨海紀遊》（編按：清朝康熙年間記錄台灣山川風物之著作）的郁永河，他看到原住民被抓來拖牛車，下雨他們就在淋雨。他就問：「為什麼不讓他們在屋簷下躲雨？」翻譯官就告訴他，「他們其實跟動物差不多，他們是不怕淋雨的。」郁永河就嘆了一口氣說，「亦人也。」所有好的旅遊書，都會有這個觀點。著有《真臘風土記》、出使吳哥城的周達觀是元朝的北方人，所以他南下的時候，受不了天氣。他不瞭解當地人怎麼每天洗好多次澡。一年之後，他變了。當初他帶著大國心態，當時元朝那麼偉大，但他後來說，真臘（編按：今日的柬埔寨吳哥窟），一個小小的東南亞國家，可是禮儀這麼嚴整，「不可輕視也。」我覺得，人不可能沒有主觀，可是慢慢在旅遊裡面，修正自己的偏見跟主觀，才是好的旅遊。

不只向外觀察，而是向內反省。

即使只是參加旅行團，也可以有不一樣的體驗跟視野。現在資訊真的很發達，在出發以前，做一些準備的工作。第二個，到現場之後，盡量檢討自己的主觀。我帶朋友去吳哥窟，我會說，「我現在帶你們去柬埔寨人的家。」他們下車都會嚇一跳，真的什麼都沒有。我們叫做「家徒四壁」，他們連壁都沒有。我在台灣，老覺得我還缺什麼。到那裡，我第一次想：「我在台北家有什麼。」我以為我比他們富有。可是後來我看到他們男男女女從田裡回來，脫光光的在河裡、蓮花當中，彼此潑水、唱歌，我覺得他們比我富裕太多了。我一生當中都沒有這樣的經驗。我覺得這就是個很大的收穫。所以我覺得任何一個旅遊都值得，因為只要一對比，你都會回來檢討自己的生命意義和價值。旅遊不只是看，更是找到自己內在，最美的東西。外在的風景，其實是你自己的心情。所以壯遊絕對不只是向外的觀察，而是向內的反省。

門牌地址編碼原則

Derek Sivers 在 TED 上給了一個很有趣的演講 -- 古怪還是不同?。Derek Sivers 在演講裡介紹了美國日本的門牌地址編碼原則的不同。現在有提供中文字幕，有興趣的人可以看一下。

梅と桜 這個網站也寫了一系列的文章介紹這件事，例如 :日本的門牌地址編碼原則, 日本的道路 (6)。

台灣人在向他人說明一個地方的位置時，通常用「○○路△△巷□□號」就可以解決大部分的問題了，少數解決不了的問題通常是道路不連貫 (例如台北的新生南路和新生北路)，或是道路上有太奇怪的分枝。由於日本的道路管理系統和台灣不同，日本人不可能像台灣人一樣理所當然地說出：「○○路△△巷□□號」。日本人在向他人說明地址時是相當辛苦的一件事。

美國的道路編碼跟台灣蠻像的，基本上越新的城市規劃得越好，基本上是以棋盤狀規劃，路很好找，但是如果到市中心這種發展已久又變動得快的地方，其實也是歪七扭八。

Ref.: 奧斯汀資訊 - 美國的街道名稱與門牌號碼

習慣上每一千號近似一英哩的長度，若是某路段沒有房子號碼仍保留，某些社區住宅緊緊相鄰但不一定就只差兩號，可能相差 4, 6, 8, 10, 不等，視各戶面街的寬度而定。所以有時看到某地址門牌號碼，就可以概略估計距離，例如同一條路12350 就與18350 相距約六英哩。每一條街道門牌號碼不必從一號開始排，每個城鎮也不必自訂門牌號碼的坐標原點，而是參照整個地區的東西與南北坐標，可能由幾萬號開始排，但是通常最多用到五位數字。 AAA的市區地圖，常常在某些主要道路旁，用紅色細字印上整百或整千的區段號碼，以供參照方便找尋地址位置。

理想狀況是在某個區塊內，門牌應該是照順序排列。例如 甲路上的某一區塊，應該是 1000 到 1500 號，但是實際上沿著路走過去，可能會看到 1010, 1022, 1100, 1034 這種奇怪的順序。而且門牌和門牌之間也可能會跳號，我想主要是因為改建規劃的原因。

而且美國的道路也常常會被 區塊截斷，例如中間被一個公園隔開，當然在看地圖時沒啥困擾，但是真的置身在街道上找路時，倒也不是那麼好找。這點台灣也是一樣。

有一個叫 Dan Jacobson 的人寫了相關的介紹，他的中文有點難懂，不過可以看看英文版。還蠻有趣的。

美國、加拿大（除兩者老東部）門牌號碼做得有條無紊。 能不能應用到台灣？ 只是我無心連跟拔起人家現有的門牌。 等有新市鎮規劃， 或趁一次的沒完沒了的門牌「整編」， 看能不能重編得可用長久。

我同意 Dan Jacobson 說的，台灣的道路規劃實在不太好，但是話說回來台灣地窄人綢，很多中小型市鎮，像是中壢市，土地面積大約等於 Bellevue (西雅圖附近的城市)，它的人口密度為 4,857/km²，而 Bellevue 的人口密度僅為 1,524/km²。某個程度上大概跟美國老東部碰到的狀況很像。這是在是很無奈的狀況。

牛排/牛肉小記

這一篇應該可以算是鏈結整理. 主要跟牛排有關.

我原本是要貼 Evil Capitalism Heroes 的 關於牛排 (1) / 關於牛排 (2) 了事, 不過他好像把就文章刪掉了. 我個人對所謂的 乾式熟成牛肉（Dry-aged beef） 蠻有興趣的. 比較高級的牛排我只吃過 茹絲葵 (Ruth's Chris), 很可惜他們並不是採用乾式熟成.

Ref.: 誰可以分享煎牛排的作法？ - Mobile01 景點討論
Ref.: 牛肉的熟成解說(Beef Aging) - 木公部落格 - Yahoo!奇摩部落格
Ref.: YouTube - Peppercorn Steak (Steak Au Poivre)

另外是一些關於美國牛肉能不能吃的文章.

Ref.: 美國牛肉爭議的一些科普ABC與雜談
Ref.:The Sky of Gene: 〈群魔亂舞的美國牛肉〉的科學依據
Ref.:The Sky of Gene: 群魔亂舞的美國牛肉

原本是要寫一些東西, 但是一直沒有時間整理, 所以就直接貼出來了.

Albert Einstein and James Watson

Ref.: 華生訪台效應 | 羅時成的部落格

另外他綜合個人成功關鍵的幾大原則與聽眾分享： 第一，挑選研究題目要超越當時所作的領域 ( 如當時DNA結構尚未解開 ) ； 第二，研究題目要定在幾年內可預期成功 ( 當時大家預期DNA結構在兩、三年內將被解開) ； 第三，和你智能相當的人成為研究伙伴 ( 如果沒有和克立克結為伙伴，他個人可能無法解開DNA結構 ) ； 第四，與你在相同領域的競爭對手維持連繫 ( 如他和威爾金斯、佛蘭克林的接觸　) ； 第五，不要成為一間房間裡最耀眼的人 ( 鮑林犯錯別人都不敢指正他 ) ； 第六，要結交一些永遠會伸出援手幫助你的人 ( 如貝魯茲和肯卓爾對他的幫忙 ) 。

之前我提過, 我上司認為華生可以和愛因斯坦齊名, 我個人是完全不認同. 連華生自己都說當年大家預期DNA結構在兩、三年內將被解開. 也就是說，就算他沒發現雙螺旋結構，似乎也不會拖太久，數年內可能也會有人發現。

認為 Charles Robert Darwin 和 Albert Einstein 齊名我倒是覺得合理.

奴才還是人才

Ref.: 中央研究院發布《人才宣言》呼籲重視人才供需失衡問題 完整版

此外，政府對「勞工」及「公務人員」的定義僵化，衍生許多不利於科研發展的因素。譬如研究助理及博士後研究人員照理應還在被訓練及學習階段，但被視為「勞工」，使原來的師生關係變成僱傭關係，這類不合理的規定，亦應適度放寬。

外國人需取得國內外大學相關系所之碩士以上學位，或取得相關系所之學士學位而有二年以上相關工作經驗，方得受聘僱從事專門性及技術性工作；此外，僑生與外籍生畢業後，在臺工作的起薪需達最低下限新台幣4 萬7 千9 百餘元，這類規定也使得我們失去彈性，無法適時延攬所需人才為臺灣所用，且是將辛苦培養的人才拱手讓人，造成國家投資的浪費。

Ref.: 科技大老：人才問題最迫切-Yahoo!奇摩新聞

宣明智更直言，人力市場產業供需嚴重失調，但大家卻不太敢談外勞跟本勞脫勾問題，如果外勞是照新加坡等國家依市場價格取得，將有很大節省空間，
有足夠的外勞，相信台商就會回流。

看到這樣的報導，的確會讓人很想問這些人要找的是奴才還是人才？ 我們希望留下自己所培育的高階人才，但是卻期望薪資低於新台幣4 萬7 千9 百餘元？

我個人比較偏向右派思想，並不是太重視生活品質那一派，我尊重競爭，也認為要有競爭才會變好。但是看到這樣的文章我還是很困惑。這真的能夠吸引人才嗎？如果台灣真的沒有人才，我們可以向國外招募，自己培育，或者送到國外培育。但是為啥會是壓低薪資，這我就真的不懂。

Ref.: The 24/7 lab: in praise of time out | Code for Life

所羅門72柱魔神，查看你的守護惡魔

Ref.:【空想庫藏】惡魔討論十二 --- 所羅門72柱魔神，查看你的守護惡魔《白晝篇》
Ref.:【空想庫藏】惡魔討論十三 --- 所羅門72柱魔神，查看你的守護惡魔《黑夜篇》 - xxzzyy的創作 - 巴哈姆特

還蠻有趣的，有興趣的人可以去找看看自己的守護惡魔啥.....

Ref.: Stolas - Monstropedia

Stolas is a great prince, appearing in the forme of a nightraven, before the exorcist, he taketh the image and shape of a man, and teacheth astronomie, absolutelie understanding the vertues of herbes and pretious stones; there are under him twentie six legions. Pseudomonarchia daemonum - Johann Wier (1583)

The Thirty-sixth Spirit is Stolas, or Stolos. He is a Great and Powerful Prince, appearing in the Shape of a Mighty Raven at first before the Exorcist; but after he taketh the image of a Man. He teacheth the Art of Astronomy, and the Virtues of Herbs and Precious Stones. He governeth 26 Legions of Spirits; and his Seal is this, which is, etc. Goetia - S. L. MacGregor Mathers (1904)

跨領域的難處

Ref.: 科學松鼠會 » 為什麼CT技術還停留在 25 年前？

大多數數學家並無機會接觸到第一手的醫療數據（這裡也的確存在醫療法規和隱私管理的問題），所以無從建立在實踐層面上比較算法優劣性的平台。其結果就是大家雞同鴨講，自說自話。平心而論，今天這個領域 90% 的研究確實如此。

生醫學者對 data 的所有權有非常強大的偏執, 如果數據不公開, 基本上就算應用數學家有心, 也沒辦法做研究. 這點在生醫高通量實驗技術的領域算是還好, 很多資料都被要求公開到 NCBI Gene Expression Omnibus 或者 NCBI Sequence Read Archive.

但是另一個困難更加本質：臨床醫療業界普遍看不懂也不願意看數學論文。這就要求一部分數學家承擔起橋樑的職責，同醫學界密切合作把數學工具引入臨床實踐，而這是個既困難又吃力不討好的工作。數學家有自己評估學術成就的標準，而這種工作是無法被計入學術貢獻的。（這裡說的是美國的情形，在中國大概更糟。）

我認為這是最根本的問題.

每一個領域都有自己評估學術成就的標準. 在那樣的標準和文化成長起來的學者, 自然也會有特定的研究興趣和價值觀. 跨領域合作會碰到的困難中, 尊重對方的專業還算是容易做到的, 但是尊重對方的研究興趣和價值觀更加困難. 生醫學者閱讀數學論文和數學家閱讀生醫論文一樣都有困難, 要某一方單方面去努力基本上就是缺乏尊重的表現.

我多次聽到有人跟我說, 她們選擇學界的工作是因為比較自由, 可以做自己有興趣的事. 如果這是大家都認同的理由, 跨領域合作的人真的要好好想一想, 如何在大家都開心的情況下共同努力把研究做好, 而不是指責或教導對方 "什麼叫做有意義的研究".

地上の星

Ref.: 中島美雪 - 维基百科，自由的百科全书

2000年，中島美雪獲邀為NHK的電視節目「プロジェクトＸ～挑戦者たち」(超越極限)寫下主題曲「地上の星」(地上之星)。這首為默默支持日本經濟的無名英雄寫下的歌曲，獲得日本各個階層的共鳴，自發售後，一直停留在排行榜百名內長達兩年之久，創下日本唱片界少見的長賣奇蹟[4]。

我沒看過 NHK 的這個節目, 但是我看過 日劇《官僚之夏》, 那種建設國家的理想和氣勢讓人感動.



Ref.: Richard的自言自語: 地上之星 - yam天空部落

這首歌曲是中島美雪為NHK Project X 所作的主題曲，「Project X」， 是以懷抱著熱情、具有強烈使命感，在日本戰後實現了許多畫期性事業之「默默無名的日本人」為主人公，介紹「組織與群像之不為人知的故事」。

地之の星

風の中のすばる
砂の中の銀河
みんな何処へ行った　見送られることもなく
草原のペガサス
街角のヴィーナス
みんな何処へ行った　見守られることもなく
地上にある星を誰も覚えていない
人は空ばかり見てる
つばめよ高い空から教えてよ　地上の星を
つばめよ地上の星は今　何処にあるのだろう
風中的星宿
塵砂中的銀河
你們到什麼地方去了？　為什麼不告而別？
草原上的天馬座
街角的維那斯　
你們到什麼地方去了？　為什麼不再守護我們？
地上的星星啊　誰都不會記得你們
因為人們只會抬頭仰望蒼穹
那麼燕子啊！　就請你從高處告訴我們吧！
燕子啊！　地上的星星現在到底身在何方？

崖の上のジュピター
水底のシリウス
みんな何処へ行った　見守られることもなく
名立たるものを追って　輝くものを追って
人は氷ばかり掴む
つばめよ高い空から教えてよ　地上の星を
つばめよ地上の星は今　何処にあるのだろう
崖上的朱彼得
水底的天狼星
你們到什麼地方去了？　為什麼不告而別？
追尋著名聲　　追尋著光芒
到頭來人們手裡緊握不放的只是冰冷的東西
那麼燕子啊！　就請你從高處告訴我們吧！
燕子啊！　地上的星星現在到底身在何方？

名立たるものを追って　輝くものを追って
人は氷ばかり掴む
風の中のすばる
砂の中の銀河
みんな何処へ行った　見送られることもなく
つばめよ高い空から教えてよ　地上の星を
つばめよ地上の星は今　何処にあるのだろう
追尋著名聲　　追尋著光芒　
到頭來人們手裡緊握不放的只是冰冷的東西
風中的星宿　
塵砂中的銀河
你們到什麼地方去了？　為什麼不告而別？
那麼燕子啊！　就請你從高處告訴我們吧！
燕子啊！　地上的星星現在到底身在何方？

My Mathematics Genealogy

Ref.: Mathematics Genealogy Project



在 wikipedia 上查得到的 有下面幾位. 加上我師公共七位 XD 這樣也算是系出名門嗎? 科科

Hermann Ludwig Ferdinand von Helmholtz

Heinrich Rudolf Hertz

Edward Leamington Nichols

Ernest Fox Nichols

William Littell Everitt

Willis Harman

回顧

之前和學長聊國高中時代的歌手, 我提到一個女歌手當年我很喜歡但是後來消失了...我一直想不起來. 今天看到一篇文章, 才想起來.....許美靜....

是冰凍的時分　已過零時的夜晚
往事　就像流星　剎那劃過心房
灰暗的深夜　是寂寞的世界
感覺一點點甦醒　一點點撒野

你的愛已模糊　你的憂傷還清楚
我們　於是流浪這座夜底城市
徬徨著徬徨　迷惘著迷惘
選擇在月光下被遺忘

你忘了吧　所有的廝守承諾
誰都是　愛得沒有一點的把握
也別去想　那裡是甜蜜的夢想
還是孤單的路上　自由的孤單

你忘了吧　所有的甜美的夢
夢醒後　多久才見溫暖的曙光
像夜歸的靈魂已迷失了方向
也不去管情路上永恆太短暫

另一個我忘記的團是 [dMDM], 我才開始注意 楊乃文 (難相處的雙魚女..... 科科)....



剛剛查了一下 wiki, 陳綺貞也 36 了阿, 老了阿, 忽然覺得我的青春離我很遠阿~~

小記

• 上班族必知的四個「加班理論」：只能撐4週、除非週休三日、效率高是錯覺、成員10人以下 (Mr. 6)
  

  第三、加班的時候大家「錯覺」好像工作效率很高，其實比不加班還低：第三點更有趣，他們找來兩組人，一組讓他們超時工作，一組是正常時數，結果發現，超時工作的那組會覺得自己的「工作效率」比以前還高，但實際上測量他們的產出，其實「沒這麼高」（也就是真的有比較高，但沒有他們「想像」的這麼高！），有趣的是，過了四個星期之後，超時工作的依舊超時工作，這時候工作效率已經開始降低了，他們有感覺到，但他們依然「堅持」這時候超時的工作效率依然比正常時數的工作的工作效率還要高，但實際上，他們的工作效率已經「低於」正常時數的工作效率，卻渾然不覺！他們說，這是因為已經習慣一天工作12小時的人，會覺得「工作8小時的產出一定比較少」，這樣的習慣的想法，讓他們對於正常時數的工作已經「沒有信心」，以致於造成錯覺。

• 知識通訊評論 » 完全公開科學研究可行嗎？
  

  對於公開研究資料懷疑的人認為，公開研究的資料，會有被競爭者剽竊的風險，讓你沒有發表的機會。芮德菲爾德並不擔心，她說，「研究成果在那裏，功勞就在那裏，我不擔心。」

  與其說擔心被剽竊，不如說擔心被追上吧。很多時候保留某些技術細節不公佈，就是為了要建立護城河，讓別人沒有辦法很快速的跟上。這是我覺得很難真得做到完全公開科學研究的原因。
• Ref.: 科學松鼠會 » 恐龍是怎麼變酷的?
  

  到了發現點，安德魯斯驚呆了，他小心翼翼的捧起恐龍蛋，看著覆蓋在化石上的沙礫，塵土從指間滑落，露出它的本來面目，極為明顯的蛋殼結構，這個生物演化鏈中重要的環節就在手中，多麼令人激動的一刻！「先生們，你們看到的正是有史以來第一批被發現的恐龍蛋，這是千真萬確的！」這消息以最快的速度傳回美國，造成極大的轟動，這個發現是古生物研究史的重大里程碑，也使安德魯斯一時之間成了美國國家英雄，他的名字與發現第二天就出現了美國幾乎所有媒體的頭版上！恐龍與恐龍蛋的可愛形象讓美國人莫名其妙的樂不可支許久。

  值得一提的是，半個多世紀後，美國大導演史蒂芬·斯匹爾博格將安德魯斯的冒險故事搬上大銀幕，這就是經典影片《奪寶奇兵》系列，安德魯斯正是印第安納·瓊斯教授的原型，他的冒險精神也隨著銀屏而不朽了。

• Nick Clegg: The UK Will Help One Million Of The Poorest Girls Get Into School
  

  According to the UK Department for International Development (DFIR), girls who are educated are more likely to marry later, have fewer children, get immunization and healthcare for themselves and their babies, avoid HIV, and find employment with a higher salary.

  Micro-finance 的研究也顯示，借錢給女性比男性更有效益。這是很有趣的現象。
  
• Life sciences want bioinformatics, but not so much e-infrastructure? | Code for Life
  

  • 47.3% (n = 129) consider that the development of e-infrastructures is a priority in bioinformatics.
  • 75.7% (n = 140) consider new methods and programs important (confusingly, the summary of these results refer to development in bioinformatics resources).
  • 84.6% (n = 149) consider the development of data standards important.
  • 79.2% (n = 144) consider development of bioinformatics initial and continuing education important (given as ‘bioinformatics diffusion knowledge’!).
  • 86.7% (n = 143) consider increasing the quality and number of interactions between developers and users important.

  還是那句老話，完全是從使用者的角度出發的。能夠幫助他們發表論文的東西他們才在意。
  
• 低碳生活部落格: 綠建築走訪-西雅圖 跨越公路的綠帶公園
  

  多年來，西雅圖市以優質環境打造城市居住品質，一直是全球城市典範之一。Freeway Park在1976年7月便已完成開放，位於西雅圖市中心第6和第9大道之間，並以空橋的型態，跨越市中心的5號州際公路。這是它值得一提的事，在城市交通正蓬勃發展的年代，西雅圖能將這樣新穎綠色規劃觀念注入城市，使高速公路與公園共存，並成為生態都市的重要元素之一，是非常大膽的嘗試，但也頗為成功。

  蠻有趣的，下次可以去看看。不過之前也有個報告指出，西雅圖是美國痛苦指數前三名的城市。環境和經濟發展還是很難取得平衡的。

哈代-溫伯格定律

Ref.: 哈代-溫伯格定律 - 維基百科，自由的百科全書

哈代-溫伯格定律，也稱「遺傳平衡定律」或「哈代-溫伯格平衡定律」，分別在1908年和1909年由英國數學家G·H·哈代(Godfrey Harold Hardy)和德國醫生溫伯格(Wilhelm Weinberg)獨立證明。在群體遺傳學中，哈代-溫伯格定律主要用於描述群體中等位基因頻率以及基因型頻率之間的關係。

最近在做 SNP 的分析, 看到哈代-溫伯格定律, 讓我想到一則有趣的科學故事. 在這裡談一下.

在遺傳學上常常會用到這個哈代-溫伯格定律 (Hardy–Weinberg principle). 他的意思其實很簡單 -- 如果沒有任何天擇壓力, 理論上特定基因的基因型分布應該是平衡的.

舉個例子來說, 耳垂分離是顯性, 所以擁有 AA 和 Aa 基因型的人, 都會是耳垂分離, 而擁有 aa 基因型的人, 耳垂不會分離. 根據哈代-溫伯格定律, 我們可以知道, 在耳垂分不分離不會影響交配和生存的情況下, 理論上不管過幾百年, 各類基因型的人數比例應該是一樣的.

有趣的是, 在20世紀初, 這個問題還爭論不休, 甚至連英國皇家學院院士之間都沒有一致的觀點, 這個故事就起因於兩位院士 Udny Yule 和 Reginald Punnett 之間的爭論. Udny Yule 認為, 既然顯性基因這麼強, 那麼擁有顯性基因的人應該越來越多才對, 但是 Reginald Punnett 卻不這麼想. 但是這個生物學家之間的爭論一直沒有得到解決.

後來 Reginald Punnett 和數學家 Godfrey Harold Hardy 打板球時, 告訴 Godfrey Harold Hardy 這個問題, Godfrey Harold Hardy 很驚訝這些搞生物的人這麼笨 (基本上他認為搞純數學理論之外的人都不怎麼聰明...), 所以就用有點不屑的口氣提出了這個定律.

To the Editor of Science: I am reluctant to intrude in a discussion concerning matters of which I have no expert knowledge, and I should have expected the very simple point which I wish to make to have been familiar to biologists. However, some remarks of Mr. Udny Yule, to which Mr. R. C. Punnett has called my attention, suggest that it may still be worth making...

Suppose that Aa is a pair of Mendelian characters, A being dominant, and that in any given generation the number of pure dominants (AA), heterozygotes (Aa), and pure recessives (aa) are as p:2q:r. Finally, suppose that the numbers are fairly large, so that mating may be regarded as random, that the sexes are evenly distributed among the three varieties, and that all are equally fertile. A little mathematics of the multiplication-table type is enough to show that in the next generation the numbers will be as (p+q)²:2(p+q)(q+r):(q+r)², or as p₁:2q₁:r₁, say.

The interesting question is — in what circumstances will this distribution be the same as that in the generation before? It is easy to see that the condition for this is q² = pr. And since q₁² = p₁r₁, whatever the values of p, q, and r may be, the distribution will in any case continue unchanged after the second generation

很有趣的是, 這個定律只要國中數學就可以推導出來了. (雖然我看不懂 wikipedia 上的推導 Orz)

假設不同基因型的機率如下

Pr(AA)=p, Pr(Aa)=q, Pr(aa)=r.

所以我們可以知道 p+2q+r=1. 所以第二個世代的基因型分佈就會變成

Pr(AA)=p²+2*p*q+q²=(p+q)², Pr(Aa)=2(p+q)(q+r), Pr(aa)=(q+r)².

(產生基因型 AA 的小孩的可能性, 只有三種 基因型 AA 的人和基因型 AA 的人交配, 基因型 AA 的人和基因型 Aa 的人交配, 基因型 Aa 的人和基因型 Aa 的人交配, 以此可以推出第一個式子, 其他以此類推.)

如果這個分佈是穩定的, 我們知道下面三個式子一定要成立

p=(p+q)²,
2q=2(p+q)(q+r),
r=(q+r)²

有趣的是, 觀察上面三個式子, 這個式子可以化簡為

(2q)²=(2(p+q)(q+r))²=4(p+q)²(q+r)²=4pr

所以我們可以得到

q²=pr

回過頭去看第二個世代的基因型分佈, 我們會發現

(Pr(Aa))²=((p+q)(q+r))²=(p+q)²(q+r)²=(Pr(AA))²(Pr(aa))²

剛好也符合分佈穩定的條件式.

也就是說, 不論一開始的 p,q,r 的值是多少, 都會穩定的遺傳下去. (在沒有天擇或人擇的情況下)


這個定律有什麼用呢?

根據現在的技術, 我們可以很容易做到檢查人的基因形是哪一種. 所以只要檢查的量夠大時, 我們可以收集到足以表達一個族群的基因型分布. 根據哈代-溫伯格定律, 如果這個基因型不會影響到人的生存和繁衍, 那麼它的機率分佈就不會改變. 所以如果我們觀察到的族群(例如糖尿病患者)的基因型分佈不一樣, 那麼這個基因很可能就跟這個疾病有關.

Throwaway prototype vs. robust solution

Ref.: Volatile and Decentralized: Programming != Computer Science

Matt Welsh 提出的兩個差異, 其實是很常被拿出來討論的, Think Big vs. Get 'er Done 和 Throwaway prototype vs. robust solution. 我之前也討論過這樣的問題, 生物學家常常喜歡叫我們做一些精美介面的網站. 但是, 這應該交給專家來做, 而不是叫一些碩士班學生或者博士班學生花精神在改善這些地方. 像是 Broad Institute 這樣請職業程式設計師來做是很棒的. 但是叫資工學生來做這些東西, 某個程度上, 是一種資源的錯置.

當然我不會認為說, 計算機科學家不用開發 quality code. 我覺得這也是需要訓練的. 但是並不是重點, 而是一項技能而已. 像是 algorithmic engineering 和 machine learning 都很需要這方面的訓練.

浪費生命

Bamboo 昨天提醒我一件我從來沒有注意到的細節. 我很愛說 --- "浪費生命" 這句話.

同樣的一件事, 別人可能會說 "浪費時間", 我卻會用 "浪費生命". 反過來, 我似乎也的確很少用 "浪費時間" 這句話.

我本身就不是那種很在意效率的人, 也不是屬於很準時的那種人, 更甚者, 我的時間概念其實很差, 我常常搞不太清楚今天是幾月幾號, 或者我人生中的某一件事是發生在多久以前. 舉個例來說, 如果有人問我是什麼時候去過 S 國, 我會先回憶我是在碩一升碩二時去的, 然後開始推算我幾歲唸碩士, 然後在根據我的出生年回推年份.

另一方面, 我很重視做一件事有沒有意義. 做沒有意義的事其實也是一種浪費生命.

所以對我來說, 我雖然沒有刻意 選擇使用 "浪費生命" 而不是使用 "浪費時間" , 但在我沒有意識到的情況下, 或許我已經挑選了這個字眼.

小記

• Ref.: 埃西亞商會: 你知道他們就學的動機嗎？（上）（中）（下）
  

  而且其實以過去的資料可以得知，以整體平均來說多受點教育，對於該受教育者而言並沒有辦法增加其升遷與薪資增加的期望效益，也就是如果以期望值來說，多念個大學或碩士的效益是負的，如果他是理性的就應該不會繼續受教育才是。

  問題之一在於訊息不透明, 很難去計算正確的期望值. 我覺得認為沒有受過訓練的局外人可以正確評估相關資訊是很不合理的一件事.
  

  最後這些資源相較不如他人的中低收入家庭，辛辛苦苦半工半讀唸完了大學，發現由於軍備競賽，他們還是做過去那種薪資最低的庶務工作，賠上的是四年青春，以及自己根本不知道為誰而花的唸書腦力，他們就算多花了四年，從高職的會計唸到大學的中會甚至審計學，其實做的還是一個月兩萬元的記帳工作，社會最低區間的薪資，是不會因為他們多唸用不到的技能而提升的。最後考慮的範圍最窄預期能力最受限的這個族群，又要再一次發現自己被騙了而痛苦萬分。

  軍備競賽本身是個困局, 不能說是誰騙誰. 在意識到軍備競賽的情況下, 他們的選擇似乎也只能是強化軍備. 更別提上大學對很多人來說已經不是為了求知, 而是一種體驗. 君不見現在大家談的是大學必修三學分, 而不是努力讀書了.
  
  
• Ref.: Maan han?（什麼呢）:孔子的苦惱與當代台灣的紛爭 - 樂多日誌
  

  從文獻記載中看來，孔子周遊列國，舉凡遇上隱士，若不是被冷嘲熱諷，就是被當成空氣，每次都只能自認倒楣。鄭吉雄推測，這或許正是因為先秦隱逸之輩多是殷商遺民，故而不能容忍殷朝貴族遺裔孔子口稱「臣事君以忠」，卻又同時擁戴造反滅殷的周人。在遺民眼中，孔子是個不折不扣的「變節者」。

  權力遞嬗的過程造成的傷痕，可能隨著時間經過而逐漸癒合，但尊嚴受躪的銘心之痛，或許就不那麼容易消解。鄭教授的演講令我想起當前台灣正熱門的「轉型正義」話題。陷於藍綠政爭的台灣，雙方各有自己所想像的正義，最後究竟是誰的價值被申張，還有待台灣人共同作出抉擇。但不論如何，正義不能建立在虛假的陳述之上，也不能透過貶損他人的尊嚴而達致。

• 茄苳樹窠:二十元硬幣上的莫那魯道 - 樂多日誌
  

  姑目‧荅芭絲的研究觸及以往較少被注意、但卻是理解霧社事件相當關鍵的切入點，那就是臺灣原住民之間的社群矛盾、原住民傳統價值觀在事件中扮演的角色。

  莫那魯道對日本人及不同社群的原住民的看法，並沒有明顯的不同。他在霧社事件發生前十年，和日本人合作去攻打其他族群（薩拉茅事件），當時他也是「味方蕃」（日警以此稱順從並協助日本的原住民）；十年後，馬赫坡社捲入抗日事件，和馬赫坡原本有仇隙的社群，怎能不趁機報復？

• Ref.: 職場快樂的「進步定律」(Progress Principle)：工作呈專案式，三位以上同儕競爭 (Mr. 6)
  

  書的作者針對六百多位職場的經理人做調查，請這些主管排列五個在管理上最重要的法則，結果他們不約而同的將「個人的進步」放在最後一名（最不重要），反而常常將「公司的進步」掛在嘴邊，換句話說，職場上總是推廣公司的進步、業績的進步，今年要衝20%的成長！今年要拚500萬的業績！但「個人」的進步？不重要！
  
  於是，大家工作得不快樂。

  我覺得讓員工成長是一件很重要的事. 我個人還蠻在意一份工作能不能讓我成長. 最近某些人推薦我去做某些工作, 我意願不高也是基於這個原因.
  
  
• Ref.: 資本主義：一個愛情故事 - 維基百科，自由的百科全書

  資本主義：一個愛情故事（英語：Capitalism: A Love Story）是一部由美國製片人，麥可·摩爾所撰寫、導演、及主演的美國紀錄片。影片主要描述2007年－2009年環球金融危機和2009年美國恢復和再投資法，並評論美國極其資本主義的經濟體系。其主題涵蓋了華爾街的「賭場心態（英語：casino mentality）」、盈利性監獄、高盛集團對於美國政府的影響、航空飛行員的貧困、法院拍賣房屋的潮流、「撈一票就走（英語：runaway greed）」的後果、等等。

  好像很有趣, 想弄來看看.
  
  

基督教相關用字 Cathedral

在美國常常看到一些基督教相關的字, 常常搞混, 在這裡紀錄一下.

這些字還漫粗淺的, 只是用法習慣和台灣不同, 所以搞混. 在這裡紀錄一下.

cathedral noun

the principal church of a diocese, with which the bishop is officially associated

Christianity noun

the religion based on the person and teachings of Jesus of Nazareth, or its beliefs and practices.

catholicism 名詞

天主教義、信仰及組織; 天主教

protestantism 名詞

新教; 新教教義; 新教教會

orthodoxy 名詞

東正教

台灣的習慣是分成天主教, 基督教, 和東正教 (其實這個很少見). 但是這個分法有點誤導. 根據維基百科,

The three primary divisions of Christianity are Catholicism, Eastern Orthodoxy, and Protestantism.

也就是說, 在西方人的觀點裡, 所有以耶穌基督的教誨為基礎的宗教, 都是 Christianity (基督教), 而基督教可以分為三個主要的流派 -- 天主教 (Catholicism), 東正教 (Eastern Orthodoxy), 和新教 (Protestantism). 而這裡所指的新教, 就是台灣常說的 基督教. 像是 長老會, 浸信會 在台灣一般人都認為她們是基督教, 其實指的是新教.

另外我曾經在某個地方讀過, Cathedral 差不多等於 天主教的意思. 但是我現在卻查不到. 我想可能是因為 Cathedral 是用在有主教 (bishop) 專屬座位的大型教堂, 而主教這個職位主要是天主教制度下的產物, 所以才有此一說吧.

Ref.: Cathedral- Wikipedia, the free encyclopedia

The word cathedral is derived from the Latin word cathedra ("seat" or "chair"), and refers to the presence of the bishop's or archbishop's chair or throne. In the ancient world, the chair was the symbol of a teacher and thus of the bishop's role as teacher, and also of an official presiding as a magistrate and thus of the bishop's role in governing a diocese.

Though now grammatically used as a noun, the term cathedral was originally the adjective in the phrase "cathedral church", from the Latin ecclesia cathedralis. The seat marks the place set aside in the prominent church of the diocese for the head of that diocese and is therefore a major symbol of authority.

做一些有人用的東西

最近我有和學長談到這件事。

當初會選擇做生物資訊, 只是因為想要做一些比較應用, 有人用的東西, 再加上實驗室剛好是做生物資訊, 所以就趁有機會跑出國來看看.

在美國待這進兩年的時間，老實說，已經沒有當初那種『做一些有人用的東西』的感覺了。其實大多數的生資研究，都沒有人真的去用，即使生物研究也是這樣。生物 impact factor 高可能只是人數多而已。但是很多論文也是一樣沒有人看，常常都是要寫論文才會讀，很多研究結果都沒被細讀。很多論文的內容也只是累積了一些繁瑣的數據和討論而已, 其中有多少"真正"的生物意義!? 結果生物資訊研究也不過紙上研究，並沒有比資工其它領域高明多少。

很深的生物學研究我看不懂, 但至少我看到很多利用 high throughput technology 的生物研究都是在堆累一堆"討論" 卻沒有真的去做一些結論. 或者是做了結論, 但是在統計上並不正確.

再加上最近的新聞, 實在覺得可悲阿.

Ref.: 每年3700人 土博士產量過剩-文教新聞-yam蕃薯藤新聞
Ref.: 人間異語：尖端產業變賣藥 博士要出走 | 頭條要聞 | 蘋果日報
Ref.: 地勢坤: 投入148億 國科會留才大作戰

投入148億 國科會留才大作戰

Ref.: 投入148億 國科會留才大作戰 | 經濟要聞 | 財經產業 | 聯合新聞網

國科會昨天公布，明年國科會可用科技預算為384.21億元，其中148億元會用來補助學界自由型專題計畫，比去年135億元成長9.1%，是近五年最高水準。

陳正宏表示，台灣正面臨廣設博士班的苦果，外界覺得每年補助學研經費減少，主因為僧多粥少，國科會積極爭取每年預算成長。

其實應該砍博士招生數量和減少經費，不要讓學者過得那麼爽，40% 的通過率也太高了吧，很多都是亂寫都會過。 老實說國家留下來的真的是人才嗎？我們要解決的是僧多粥少的問題，不是增加經費吧。

管他娘

Ref.: The road less traveled by: 別的就管他娘

我一直覺得張愛玲的文字很冷，但是或許不代表內心很冷。

台灣海拔最高的電塔

Ref.: 台灣海拔最高的電塔 | 台灣好生活電子報

這裡曾是台電電力公司舊東西線最高海拔的電塔，連接萬大－銅門兩地。要說人定勝天嗎？來來往往的登山客，多半是嘆服於這些鐵塔對比崇峰峻嶺之下，顯得如此渺小。

這是解讀角度的問題。 如此巨大的高山峻嶺，不也是被人類所征服？ 為什麼我們要預設人類和環境站在對立關係？人類超越環境，或者環境壓制人類？ 那些努力克服天險，冒著生命危險建築各種建築的人，追求的是給人們的便利，還是挑戰自然極限？我不認為現實中會有很多瘋狂科學家，像電影裡一樣想要征服世界或者超越自然扮演上帝。

前言再考

經濟學裡面有一個名詞叫做 用腳投票, 意思是說, 人會自己選擇要待在某個環境或離開. 這個辭常常被延伸為 -- 嘴巴上講得多漂亮都沒用, 實際的行為才能代表真正的想法. 當初講的話, 事後驗證往往只是便宜行事, 不是真實的想法.

我最近常常再想一些我以前說過的話 --- 我到底有沒有做到? 我的想法對錯是其次, 問題是我有沒有履行自己的論點.

例如, 我一向認為台灣發展生技製藥是好高騖遠, 產業就像金字塔一樣, 沒有底層的產業怎麼可能會有上層的產業? 中低階的生技公司都做不起來, 就奢言要走高階產業? 人才哪裡來? 各個產業都一樣, 在台灣沒幾家可以跨出國際的軟體公司的情況下, 動輒想要建立 Google 或者 Facebook, 這未免太好高騖遠. 產業和市場的大小在一定程度上影響了待遇, 反而和個人優秀程度不見得有絕對的關係. 所以希望自己的專業有足夠大的產業是人之常情, 但是我們可以做什麼? 坐等政府補助? 坐等產業變大?

反過來, 我自問, 我對生物資訊的反感是為什麼? 有沒有好高鶩遠的成份在? 是不是做一行怨一行? 是不是不願意做苦工? 是不是不願意替其他人(生物學家)服務? 我現在對工作環境的不滿, 是真的因為研究上的價值差異, 還是單純的辦公室政治導致?

這些問題我都沒有答案....甚至...我也不相信自己的答案.

也許只有等到下個階段之後才清楚. 希望等到下個階段回過頭來看時, 我可以很確定的說, 我有做到自己的理念.

小記

• Ref.: 美國增長模式失靈 經濟出路何在﹖ WSJ
  

  金融行業的高薪吸引了大批優秀人才﹐而他們本來可以受雇於科學、軟件、工程等領域。這個臃腫行業對美國經濟的損害﹐超過了二戰以後任何共產主義敵對勢力所造成的損害。
  
  美國醫療體系的人均成本比其他任何國家都多﹐但並沒有造就世界上最健康的人群。在這兩個行業﹐美國的錢都花得不值當。
  
  它們為什麼變得如此之大？羅默有一個理論：金融和醫療行業的逐利者綁架了國會﹐抵制限制他們為所欲為的監管﹐並為了私利而利用過時的規則和政策。

• Ref.: 轉行後的心路歷程
  

  我在欣賞物理之中找回了自己的愛好。 從某種意義上講， 我又重新回到了孩提時代那個對物理世界充滿好奇心， 想要盡力瞭解物理學家工作的自己。 我的夢延續了下來， 只不過是以欣賞者而不是參與者的方式延續了下來。 做自己的多半隻會是二三流的工作與欣賞別人的第一流的工作同樣都是幸福的。 我不後悔以前曾在物理上付出過的時光， 因為那段時光裡的每一天都過得很充實， 而且有了那段時光， 我才可以更深刻地欣賞和理解物理前沿的工作， 我才可以真正地和我摯愛的物理相伴終生而不流於膚淺。

  有時我問自己： 究竟什麼是成功？ 如果我一直做物理的話， 我想我會對物理學有一些直接的貢獻， 對於一個熱愛物理的人來說， 那應該算是一種成功。 但除非發生奇蹟， 那種貢獻將是微小的， 多數物理學家對物理學的直接貢獻都是微小的， 並且往往是曇花一現的。 從這個意義上講， 如果我真的可以對 physics community 做一些認真的間接貢獻的話， 也未嘗不是一種積極的人生選擇。

• Ref.: 玻爾的錯誤
  

  當玻爾最終從錯誤中走出來時， 他不僅自己走出來了， 而且對來自其他人的類似想法產生了抵禦能力。 如前所述， 當量子場論被發散問題所困擾時， 狄拉克顯示出了 「科學革命綜合症」 的 「症狀」， 他的一個早期提議很接近玻爾曾經犯過的錯誤， 即認為能量動量有可能不守恆， 他表示 「物理學目前已面臨了不得不對基礎進行激烈變更的前景， 這種變更包括了放棄我們依賴最深的某些原理 (比如能量動量的守恆)， 而代之以 BKS 或與之類似的理論」。

國際閱讀週

<國際閱讀週>規則如下：拿起離你身邊最近的一本書。翻到第56頁，把第五句話貼到你的塗鴉牆。不要提到這本書。也別忘了把規則一起貼在塗鴉牆上。
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It is too easy to run aground on the shoal of encyclopedic learning, where minds incapable of orderliness -- who are restless, undisciplined and unable to concentrate attention on single idea for any length of time -- tend to stop.

不論這個活動是真是假, 有趣就好.

法蘭西斯. 柯林斯 博士 Dr. Francis Collins

今天聽到上司說 Dr. Francis Collins 很大頭, 比我們所長還大頭. 我上網查了一下. 雖然研究做的很好, 但是學術地位並不如我們所長高. 如果真的要說比較大頭的話, 大概是因為他掌管 NIH 的人類基因體計畫, 資源很多吧. (生物學家真的很在意這件事.)

在 1989年時, 柯林斯和加拿大多倫多市病童醫院(Sick Kids Hospital)的合作研究人員使用他的新技術而成功的識別為纖維囊腫症(cystic fibrosis)的基因。緊接著柯林斯的研究小組在1990年找到了負責neurofibromatosis(神經絲蛋白疾病)的基因. 1993年時, 柯林斯不僅辨定了杭亭頓症(Huntington's disease) 的基因群, 更被指任為接替諾貝爾獎得主華生(James Watson), 成為人類基因組計劃的第二代主持人.

Ref.: 千禧年年度風雲科學家: 系列之二 -- 聯邦人類基因組計劃主持人 法蘭西斯. 柯林斯 博士 (Dr. Francis Collins)

小記

• 清大彭明輝的部落格: 劍橋去來
  
  雖然認同他指出的問題。但是他的文章也透露出一些他的自以為是的部份，讓我對他的文章有更多保留。例如 "只能夠讀科技英文的英文程度"，卻想瞭解德法如何做哲學？ 會讓人懷疑他說的那些功底和理念他自己是不是真的有做到? 我有稍微查過他的資料, 基本上當上正教授之後, 幾乎沒有發表過論文, 而且也沒有專利之類的東西. 至少看不出在產學上有顯著成果. 他的其它文章有提到他不發論文和專利的理由. 但是我是半信半疑(也不盡然認同), 畢竟會 "把話講得漂亮"的人太多了...基本上我是希望他講的話是真的. 畢竟台灣還是需要清流的.
  
  至於人文社會的東西, 我個人雖然也有這樣的喜好, 但是我更覺得身為教授, 應該先把專業做好, 站著工學院教授的位置去研究藝文, 似乎有點說不過去.
• 我的小小內在之光: Notes of Secrets of the Parthenon 《帕德嫩神廟》 - yam天空部落
  
  

  影片中提到帕德嫩神廟最大的謎團在於46根多立克柱那微妙的曲線在沒有任何藍圖的情況下，規格究竟是如何統一的？透過電腦繪圖的計算，要畫出這些高10公尺的多力克柱的曲線需要一個半徑一英里的圓規。

  這種唯凸的多立克柱的設計技法被稱為收分曲線entasis.
  

  In architecture, entasis is the application of a convex curve to a surface for aesthetic purposes. Its best-known use is in certain orders of Classical columns that curve slightly as their diameter is decreased from the bottom upwards.

  Some Roman columns are 'cigar-shaped', with the widest point some distance above the foot, but this is unusual and to most eyes unattractive.

  這個投影片有介紹現代的做法是如何設計. 不過網路上找到的解說其實有點不一致, 有些說收分曲線是頭尾細中間粗, 也有的說是下粗上細.
  
• Ref.: 事業經營必要的痛：Netflix調高主要方案資費的企圖！(上) - Inside 網路趨勢觀察

  舉另一組數字為例，Netflix於2010年前半年花美金6,100萬購買DVD，比較2009年同時期的美金8,900萬減少了美金2,800萬，但處理DVD-by-Mail的費用卻於2010年增加了美金2,300萬，DVD取得成本的下降幾乎被處理費的增加給抵消了(數字來源)。且因為Netflix使用美國郵局(USPS)的郵遞服務，近幾年因為油價的高漲，郵資只增不減，這讓DVD-by-mail的營運成本無異是雪上加霜。

  事業經營必要的痛：Netflix調高主要方案資費的企圖！(下) - Inside 網路趨勢觀察

  這次資費調整，用意很明顯，迫使消費者要由streaming或DVD-by-Mail兩個選項中選擇其一(因為兩個組合一起的方案月租費無任何折扣)。以消費者收視行為的趨勢來看，Netflix心中打的如意算盤，於預期可能部分用戶流失後，其餘最終會選擇streaming。本文一開始提及的同一個調查中，雖然有41%表態要退租，但也有35%表示就只要streaming。

• Ref.: 亞裔美國人：高學歷為何沒有高職位

  報告顯示，迄今為止，還很少有公司因為亞裔被視為“模范少數族裔”而為亞裔員工建立職業發展規劃。報告作者之一拉希德(Ripa Rashid)說，這次調查揭示了她常從員工和管理者那裡聽來的一些東西：在美國公司裡常常帶來成功的那種高調和自夸，亞裔美國人由於文化上的原因並不擅長。拉希德說，他們只管埋頭苦幹，以為就這樣就能做到高層。

  學歷跟職位不見得要拉上關係吧. 不過搞社交和政治很重要, 但在不同的文化裡, 很難掌握分寸.
  
• Ref.: 準建築人手札 討論區 • 檢視主題 - Designer as Boss 發現設計師老闆
  
  

  對於創意養成環境，林一順對台灣有更大期許，他舉例：歐洲人對Giorgio Armani的認同是一種投射，一種生活方式的嚮往，他們營造品牌是靠設計師的魅力，當品牌沒有投射對象，就失去想像力。人們去買Armani，想到的就是Giorgio Armani的一頭白髮，以及他舉手投足間的優雅。歐洲人的品牌跟行銷，抓到人們心中「我也要成為這種人」的深沉渴望。但台灣社會才剛起步，設計師如果太一廂情願認為自己也能成為Armani，「會摔得很慘」，他進一解釋：「歐洲設計師有一個共同特質，不管名氣多大，產量多少，透過他的設計品，你可以感受到那種熱情，」這才是台灣設計師該學的最重要的內涵。

演算法與 domain knowledge II

續前文

我並不是說，演算法或者演算法的訓練沒有實用價值。

雖然我會在這個部落格幹譙生物學家或生物資訊，但是我並不認為只要 CS 功力夠強就可以做好跨領域研究。IOI 的銅牌 vgod，跑去做 人機界面，但是這個領域似乎想法比編程功力重要多了(？)

我本身沒參加過 ACM-ICPC 或者 IOI，雖然我認為這些解題技巧的訓練是非常有用的，但是在職涯發展上到底有多大優勢，我覺得很難說。姑且不論蠻多人都認為這些競賽者為了贏得比賽，通常被訓練出不好的編程習慣；解題技巧本身的進步和退化是跟使用有關的頻率有關，當投入另一個領域之後，所需要耗費的精神勢必減弱原來的解題能力。

如果研究主題有越多 domain knowledge，基本上解題技巧的重要性就逐漸被淡化。在努力補上需要的知識的過程，某些東西就勢必要放手。最後會是選擇平衡點的問題。例如(20%生物,80%資訊), (40%生物,60%資訊), 或者 (30%生物,70%資訊)。

我的立論就是這麼簡單，只根據一個假設：心力守恆。

演算法的訓練所能帶來的優勢，我覺得跟選擇的題目更有關系。假設做理論性的題目，像是 phylogenetic tree 或者 rearrangement 的演算法，我想演算法訓練非常重要；但生物資訊發展已經數十年，做這類題目的學者也都不是軟柿子。我不認為在這方面佔得到便宜，畢竟者這種題目也就等於演算法研究了。

我想這也是『演算法與 domain knowledge 孰重』這類主題始終沒有定論的原因。不同的跨領域研究/產業 需要不同的技能組成與比例。或許在大型產業或公司中，會有專重演算法的單位，但是談到『優勢』，這也和投入的時間以及當時的人力組合有關。

演算法與 domain knowledge

最近有個做演算法的學弟寫信來問我: 做演算法的人在生物資訊上有沒有優勢.

看到這個問題有點不知所措, 我不覺得自己夠資格回答. 只能就個人經驗簡略表達意見.

最大的問題還是在於, 上班的公司或單位, 多重視演算法開發這個部門, 願意讓做演算法的人花時間去解決問題. (不見得能解決, 例如證明出來是 NP-Hard, 這對公司來說可能沒啥意義. 但是 Approximation 或者 Heuristics 的解法可能又不能接受時, 最後還是要嘗試暴力解.)

在生物資訊上來說, 基本上大多數我看過的研究還是處於套用不同的技巧並整合不同的生物知識居多, 實際開發新的演算法的研究基本上是少數. 以我自己有限的經驗, 大多是做工具和處理資料, 如果碰到很難的問題, 通常會被要求繞過去或者放棄.

再者, 演算法的子領域很多, 平行演算法, 近似演算法, 字串, 圖論, 計算幾何, 資料結構等等, 各有各的限制和要求, 研究字串演算法的人, 不見得熟悉圖論演算法, 而研究 exact algorithm 的人, 不見得抓得到近似演算法或者 Heuristics 的設計概念. 所以有 n 年資歷的演算法學者跳去做應用時, 比起該應用領域有 n 年資歷的學者來說, 實際上有多大的優勢, 我是有點存疑. 當然對於強者演算法學家來說, 可能沒差, 反正什麼題目對她們來說都是信手拈來.

至少我看到一些在生物資訊很受重視並廣泛被使用的研究成果(軟體), 大多不是在演算法上原創性很高的方法. the algorithmic lens 到底有多有用, 我也想知道.

小記

• Ref.: Marvin Minsky - John Nash solves my PhD problem - Web of Stories
  
  AI 大頭 Marvin Minsky 說 自己也曾經被 J. Nash 電過....。神人真是不同凡響。
• Ref.: 研究補助縮減 大學恐剩教書匠 - 高等教育論壇 - 文教要聞 - udn校園博覽會
  
  

  過去向國科會生物處申請專題研究補助，約有50%可通過，今年據了解只約30%。許多教授建議國科會重新檢討其他大型計畫的效果，科技預算緊縮，就要讓「錢用到哪裡去了」更透明。

  據說美國只剩下 10%，我想台灣不算是特別低的吧。
  

  不少大學教授也反映，國科會補助大學研究的件數若縮減，將嚴重影響台灣學術發展，未來研究型大學可能只剩「教書匠」，延攬國際研究人才也將更困難。

  教書匠？研究匠有比較偉大嗎？
  
• 最近幫生物學家分析資料，檔名上有 HeLa，才發現原來這就是鼎鼎大名的海拉細胞。真是有眼不識泰山。
  
  回台灣有機會應該把《海拉細胞的不死傳奇》找來看看。

二十世紀最偉大的生物學家

前一陣子和上司聊天，聊到了Crick和 Watson，我上司(生物學家)認為他們兩人是20世紀最偉大的科學家之一，可以和愛因斯坦齊名。

我不是生物學家，所以不是很清楚，但是當時很多人都在研究 DNA 的結構，像是莫里斯·威爾金斯，萊納斯·鮑林，還有 被陰的羅莎琳·富蘭克林。也就是說，就算他們兩人沒發現雙螺旋結構，似乎也不會拖太久，數年內可能也會有人發現。

我不太明白為什麼會被 Crick和 Watson 會被吹捧得這麼高？並不是說他們兩位的貢獻不夠卓越，但是在二十世紀裡這麼多優秀的生物學家和諾貝爾獎得主裡，何以他們兩位可以被拉到這麼高的地位？這我實在不太明白。

Ref.: DNA雙螺旋五十年 - 實驗室裡 實驗室外 - PChome 個人新聞台

Ref.: 生物學史 - 維基百科，自由的百科全書

Falling Skies

最近在看新的影集 Falling Skies。

我覺得還不錯。老實說我還蠻喜歡看這種片子的，與其看人類互相殘殺，不如看各色人種聯合起來抵禦外侮(外星人)。當然前提是不能拍得太爛。

有點意外的是，竟然製片是 Steven Spielberg ，我還以為他只會拍一些跟外星人友好的片子說。

科科。

看電影

Ref.: cinema-critique: 消遣《變形金剛3》(Transformers Dark of the Moon) 現象 - yam天空部落

我身邊的同學朋友基本上大多可以分成兩類電影觀眾. 第一類是電影不用去戲院看, 網路上抓,租DVD, 或者等電視重播就可以了. 第二類是去戲院就是要看聲光效果, 所以爽片, 例如《變形金剛3》才值得去戲院看.

我的觀點是, 進戲院看是要看好電影, 只要能讓你覺得感動, 這就是一部好電影, 跟電影類型無關. 其實我不太愛去戲院看動作片, 因為動作片能夠讓我印象深刻的機率很低.

當然不是說我完全反對去戲院看爽片, 在戲院吹冷氣看電影吃爆米花喝可樂當然是很暢快, 但是對我來說出戲院之後會覺得很空虛. 爽兩個小時, 但是空虛一個下午, 對我來說很不划算. 我更傾向於把這個活動視為團體活動, 所以除了和女友約會或者和朋友出遊, 我不會想要去戲院看爽片.

研究與民生

Ref.: Galerie Bleue: 關門

荷蘭烏德勒支大學決定關閉該校天文所。荷蘭的天文學有相當悠久的傳統，該大學與天文所都非常古老，這個消息讓很多天文學家感到氣餒。目前的氣氛相當悲觀，在全球經濟持續不振、研究預算緊縮的情形下，這恐怕不會是唯一一個被關掉的天文所。

這其實牽涉到一個核心問題，就是在經濟前景不明的情況下，我們應該打腫臉充胖子投入基礎科學嗎？還是應該先把力量集中在與國計民生有關的學門？

Ref.: 【意見評論】如何決定科學研究的價值 « CASE PRESS

政策制定者、資助者和科學家都應該謹記。例如，同是亞利桑那州立大學政策學家邁耶（Ryan Meyer）提出的一篇論文，著重於討論美國政府全球變化研究計劃在提供廣大公共價值方面的失敗。基於與研究者、政策決策者的個別訪談，以及對公開聲明的研究，邁耶說，美國的氣候計畫在過去二十年，受益於公共投資超過三百億美元，但多數都未能產生決策者和公眾所想要的信息以及參與形式。社會上有一種觀念是，任何知識上的進步都是好的，縱使這些科學沒辦法達到該達成的目標與重點；邁耶認為不該還有這種觀念。

我想任何知識上的進步都是好的，但是當國家設計研究計畫時, 應該有它預期的目標, 而不是把錢灑下去而已. 國家應該要支持基礎科學，但是未必要投入大量資源. 以氣候變遷的問題來說, 台灣可以集中在特定的領域, 像是跟颱風相關的研究.

支持理論研究或者基礎科學的理由, 除了它的潛在應用價值以及知識上的美學價值外, 保留詮釋和推廣該領域的能力也是十分重要的, 目的是為了保持學術多樣性. 這有點類似生物多樣性的概念, 我們會期望即使台灣沒有能力發展特定領域, 也能讓那些有潛力的人到願意發展的國家去學習和研究. 但是學生不會憑空接觸得到這些訊息, 所以我們需要保留一些資源給各領域, 讓他們生存下去, 並讓他們能夠傳承下去.

Ref.: 【科技歷史】瞧 ! 馬克斯威爾來了 « CASE PRESS

小計

• Ref.: 科學松鼠會 » 男人女人，該由誰去做​家務？

  結果顯示：回到家中後長時間做家務活會提高雙方的皮質醇量，這個結果很正常。但是進一步的觀察發現，如果男方能夠分擔些家務活，那麼女方的皮質醇含量就會顯著下降。不幸的是，除非男方在回家後多數時間都在休息，並將大量家務活拋給女方，否則男方的皮質醇含量就不會降到正常水平。

  看來我不願意做家務有正當理由了XD
• Ref.: Galerie Bleue: 可樂裡的二氧化碳
  

  我覺得這是真正一流學者該做的事。最好的物理學家不會只能研究一個題目，他可以隨時在不同物理領域中切換，甚至跨足到物理以外，研究生物、化學、工程問題。

  佩服佩服.
  
• Ref.: 今周刊-今周焦點 -焦點新聞-專訪義美總經理談食品安全真是讓人佩服. 義美的股本大約 21億, 統一的股本大約428億. 為何統一做不到? 競爭激烈到底算不算是個藉口!?
• Ref.: The Sky of Gene: 人類之子的絕望與希望
  
  我個人覺得這部片的主題很有趣，但是電影本身和結尾有點讓人失望。很多人會讚揚這部電影的長鏡頭，我到是不以為然。
  

  從頭到尾居然長達七分半鐘沒有停頓！這場讓人身歷其境的逼真巷戰場面，就足以讓經典戰爭電影如《搶救雷恩大兵》（Saving Private Ryan）和《黑鷹計劃》（Black Hawk Down）相形見拙。

  我個人並沒有特別喜歡戰爭片。但是長鏡頭只是一種技巧。如果這個技巧運用至極，很好，這部電影會成為這個技巧的經典範例，但是不會成為某個類型電影的經典。
  
  我不知道所謂長鏡頭的逼真對親自上過戰場的人來說有多貼近真實。但是我想電影要傳達的不是逼真就夠了，就像攝影不能取代繪畫一樣，作者想要表達的東西比技巧更重要。而以這個主題來說，那些戰爭場面和長鏡頭到底有多重要？
• Ref.: How beautiful it is！台灣十大校園美景 | 城市聚樂部 - Citytalk城市通 官方部落格 - 活動情報第一站
  
  好多都是西式建築....。我個人推薦南藝大，我覺得很漂亮，當初是跟 Bamboo 一起去的。有點偏僻，不過還蠻值得的。缺點是差點被曬死。希望 Bamboo 熱情贊助一些照片。(如果他有看到這篇的話)
  

長遠投資

大家都說要長遠投資，不要短視近利。但是我還真沒看到幾個人這樣做的。我只能說嘴泡比較容易。各行各業，有多少公司是願意投入這種經費的？台灣學術界又有多少大頭願意投入經費去研究十年內很難發論文的領域？如果連學術界拿別人的錢做研究都沒辦法這麼有 guts, 去要求那些業界老闆這麼做也太嘴泡了吧。

利基的研究主題雖然是很好。但是該什麼時候停止這樣的研究也是一門學問阿。

Arsenic life

Ref.: Arsenic life – more criticism, formally published | Code for Life

This was announced by NASA, teasing the announcement before the release of the paper as being relevant to life outside earth. (The connection being that, in principle, life might have a different chemical basis outside earth.)

蠻有趣的科學研究，探討 DNA 化學組成，科學家發現有些細菌會用砷元素代替磷元素，來組成DNA。對我來說，這只是個有趣的科學新聞，暗示了我們對何謂生命的認知可能還不夠，過去我們認為不可能有生命的星球，可能還是有另一種形式的生命存在。

不過很多人更重視的似乎是傳統科學社群和在網路上的科學社群對這件事的不同反應。

Ref: Post publication peer review – a new way of doing science? | Code for Life
Ref.: 【科學瞭望】網路改變了「做科學」的方法 « CASE PRESS

不過，八篇評論之一的瑞德菲博士說，在這次的回覆中原作者還是以 「我們沒有錯」的態度來回答這麼多的質疑，這是「很糟糕的科學態度」。瑞德菲博士對《自然》的記者表示即將在部落格中繼續寫下她的想法。換句話說，這個科學事件，應該會繼續在網路上演下去。

老實說，這些驗證工作是很麻煩的，你還要提供樣本給人家檢驗。如果不是很重要的發現，這真的很不划算。某個程度上我可以理解他們的心情啦。

小記

• Ref.: 氧氣（1,2,3） - 我愛談天你愛笑 - udn部落格
  

  有兩位化學家寫了一齣虛擬的舞台劇，描述有關「氧氣」是誰第一個發現的爭論，其中一部分是根據科學史上的記載，一部分是他們的創作，既風趣又發人深省，更沒有污衊別人的危險。這齣舞台劇的兩位作者是當代最有名的兩位化學大師翟若適（Carl Djerassi）和霍夫曼（Roald Hoffmann）。翟若適是美國史丹福大學化學系的教授，他因為口服避孕藥發明的貢獻獲得美國最高的國家科學獎，他在化學上研究的成果也讓他變得非常富有。他寫小說、戲劇、詩歌，也是一位藝術收藏家。霍夫曼是美國康乃爾大學化學系教授，1981年諾貝爾化學獎的得主。他也在電視台主持科普的節目，寫科普的書、散文和詩集。

  我很喜歡 Carl Djerassi 的作品. 這部看起來也很有趣. 劉前校長的介紹也漫有趣的. 基本上看到 Carl Djerassi 的作品, 我應該就會轉貼了XD
• Ref.: 野心是對現狀的永不滿足 (1,2,3) -- 普通人的自由主義
  

  但李政道這樣的天才，對德曼的影響在於，讓他認清到天才和凡人的不同。他的太太是從哥大物理跳到生物學的博士，所以看過兩個領域專家的不同。她說，就算是最頂尖的生物學家，你也不會覺得和自己的距離很遠，但是物理學就是不一樣，天才的程度是分得出來的。

• Ref.: 歐洲旅遊新熱點：下水道

  維也納並不是唯一一個將旅遊業往縱深方向拓展的城市。2007年﹐英國布里奇頓的一個本地商會投票將當地的下水道評選為“最佳遊覽地”。布里奇頓的下水道是一個展現了維多利亞時期工程和建築風格的鮮活的紀念館﹐其得票數超過了包括約克公爵影院(Duke of York's Picturehouse)在內的其他名勝古跡﹐後者是英國最古老的電影院之一。
  
  2007年﹐布魯塞爾翻新了該市的下水道博物館﹐從外部來看﹐它就像是一座希臘神廟。在這座博物館底下﹐遊客可以在無人陪伴的情況下獨自沿著一條氣味濃烈的泄水道漫步。

  西雅圖也有這樣的 tour，我覺得這類城市發展遺跡之旅還蠻有趣的。
• Ref.: Leonard Susskind: My friend Richard Feynman | Video on TED.com
  
  Leonard Susskind 是知名理論物理學者，他在回憶分享一些關於費曼的往事。費曼迷就直接點進去看了吧XD
• Ref.:Billion dollar babies of the human genome - The Scientist - Magazine of the Life Sciences
  

  The US government poured a total of $3.8 billion into the HPG between 1988 and 2003 -- an investment that has returned 10-fold just considering the $49 billion in taxes paid by genomics-enabled industries. In total, the genomics industry and the other industries it supports have generated $796 billion in economic output since the inception of the HGP -- a return on investment of 141 to 1. In other words, for every $1 of federal HGP funding, $141 have reentered in the economy.

  The project also generated 3.8 million job-years of employment (310,000 jobs in 2010 alone) and led to nearly $250 billion in personal income -- an average of $63,700 in personal income per job-year.

  完整報告在網路上可以下載。老實說我沒有下載來看。不過我對這個論文的說法是有懷疑的。我懷疑的不是數字，我懷疑的是把哪些東西算進去。舉個例來說，那個計畫雖然花了 $3.8 billion，但是，其他相關計畫呢？所有政府出的錢應該都要扣除吧？我是覺得這個報告可能有點虛。

75th Anniversary of Computer Science

Ref.: Computational Complexity: 75 Years of Computer Science
Ref.: Happy Anniversary To Turing’s Paper « Gödel’s Lost Letter and P=NP

艾倫·圖靈, 計算機科學之父, 計算機之父, 在 1936 年 5 月 28 發表經典論文 On Computable Numbers, with an Application to the Entscheidungsproblem.

圖靈在他的重要論文《論可計算數及其在判定問題上的應用》（On Computable Numbers, with an Application to the Entscheidungsproblem）(1936年5月28日提交）里，對哥德爾1931年在證明和計算的限制的結果作了重新論述，他用現在叫做圖靈機的簡單形式裝置代替了哥德爾的以通用算術為基礎的形式語言。由於速度很慢，儘管沒有一台圖靈機會有實際用途，圖靈還是證明了這樣的機器有能力解決任何可想像的數學難題，如果這些難題是用一種演算法來表達。現今，圖靈機還是計算理論研究的中心課題。他繼續證明了判定問題（Entscheidungsproblem）是沒有答案的。他的證明首先展示了圖靈機的停機問題(halting problem)是沒有答案的，這是說不可能用一個演算法來決定一台指定的圖靈機是否會停機。儘管他的證明比阿隆佐·邱奇在λ演算方面相等的證明晚發表了幾個月，圖靈的著作是更易於理解和直觀的。 他的通用（圖靈）機的概念也是新穎的。這一通用機能夠完成任何其他機器所能做的任務。這篇論文還介紹了可定義數的概念。

沒必要多說什麼, 共襄盛舉就好.

經驗機器論證

Ref.: 經驗機器論證．哲學哲學雞蛋糕.

提出經驗機器思想實驗的政治哲學家Robert Nozick認為，大部分人在仔細思量之後會拒絕。對於這樣的現象，他的解釋是，大多數人會這樣選，是因為當我們想要成就某些事、成為某種人，我們想要的是真的成就那些事、成為那些人，而不單單只是擁有相關的經驗，不管這些經驗多麼逼真。同時，Nozick認為，另一個選擇不進入經驗機器的理由，是因為我們不想要一個人造的人生。

我認為經驗機器論證的核心就在於, 經驗和真實的差距. 它的效力的前提在於, 人不認為經驗等於真實. (附帶一題,在這個前提上, Turing Test 是沒有意義的.) 所以經驗機器論證無法直接對"價值"論證, 但他可以用來討論基於主觀經驗的價值.

經驗機器論證可以拿來反駁快樂主義的主因是, 快樂基本上是主觀經驗. 同樣的,　功利主義也有類似的問題，　把全人類都被丟進一個良善的母體裡，是不是對全人類來說都是更幸福的事！？

類似的，　我們可以設立一個神燈巨人論證　－－－　某一天，你釋放了神燈巨人，他願意報答你, 讓你過你想要的人生, 只是願望開始實現的那一刻起, 你會忘記一切跟神燈巨人有關的事, 然後神燈巨人會離開這個世界, 回到M78星雲之類的, 總之你不用擔心有人又碰到神燈巨人, 破壞你的願望. 所以你可以許簡單的願望, 像是成為鉅富, 或者拿諾貝爾獎, 也可以許複雜的願望, 把自己想要的人生劇本交給神燈巨人.

這個論證基本上很簡單, 他和經驗機器論證極類似的, 但是神燈巨人論證給你的體驗是以真實的世界為基礎. 那麼, 你會如何選擇!?



我不知道 Robert Nozick 是否真的做過調查, 還是跟我一樣只是猜測. 我個人認為, 大部分的人對會對神燈巨人許下物質體驗的願望, 而不是心靈體驗的願望. 簡單地說, 我認為, 人很可能會選擇成為總統, 富豪, 帥哥美女, 或者擁有後宮之類的願望, 但是不會選擇某某人真心愛上自己之類的願望.

這之間的差異不是真實和經驗. 真實和經驗不是兩個適合比較的辭彙. 我認為用 可經驗/體驗 和 不可經驗/體驗 會是比較好的區分方式.

即使不用學習哲學, 我們在現實生活中也早已學到, 你看到的東西不見的是真的.

我們都看過魔術; 我們都聽過甚至體驗過朋友的背叛; 嘴巴上說愛你, 表現得很愛你的人, 也許只是愛你的財富或美貌. 在現實生活中, 每一個人都知道, 有一些東西是可以去經驗的. 但是有一些東西不行. 但這些東西的可貴之處, 就在於其不可體驗之處 (例如真愛). 即使神燈巨人有能力改變人的自由意志, 有多少人會認為這個東西有意義!?

這種體驗論證, 其實是在問你, 關於體驗 --- 絕對是假的 和 可能是假的 你會選哪一個? 或許進入那個世界或者機器之後, 你區分不出來, 但是在選擇的當下, 這個問題其實是要求你暴露的你價值判斷!!!

人生的價值就在追尋意義, 只是意義的投射對象人人不同. 有些人追求功成名就, 有些人追尋真愛, 有些人致力於創造宇宙繼起之生命. 但是這個意義或多或少都綁在自己主觀意識之外的東西.

我不知道在哪裡看過愛因斯坦說過這樣一句話, 雖然我不知道是否是假托. 但是我覺得很適合拿來做這篇文章的結尾.

我不認識任何一個真正的唯心論者

理想性?

最近有點鬱悶.....想要藉由書寫的方法釐清自己的想法.

來到生醫研究機構來學習一年多, 看了一些現象, 也學了很多東西. 當然也有很多不適應的地方, 尤其是研究方式和文化.

當學術界是某些領域的高等教育的唯一出路，再加上這十幾年來的高教膨脹，學術研究這兩字的招牌自然要退色。很多人在怪罪的 impact factor 量化研究成果造成歪風，但是真正的原因難道不是因為高教膨脹？競爭激烈，領域分劃細微，研究期刊爆增，人力根本很難去評估好壞了；再加上競爭者越多越容易在意公不公平的問題。以成為大師為職志的學者可能不在乎這種微支末節，但是一般的學術公務員可在乎得緊。 impact factor 只是應運而生而已。



在四五年前，我考慮是否要念博班時，曾經很苦惱思索。

除了出路好壞這些問題，我也很在意自己會怎麼做研究 -- 安逸地在大學裡教書，做些可有可無的研究。這不是我心中對學術的景象。

但是我後來還是選擇唸了博士班。

基於很多理由，包括資質限制，我不敢期望自己在理論領域有好的表現，我所期待的研究形式，是更接近應用科學的。所以我希望走比較應用的那種領域。我當年決定念博班時給自己的期望，是希望能到業界上班，希望不要喪失拼鬥精神，希望能找到那種能夠讓我的訓練有用武之地的應用領域。所以我左思右想，寫了一份自認有機會應用到業界的理論 proposal 去申請博士班。

就算無法成為 Maxwell，無法成為 Hertz，是不是有機會成為 Heaviside？ (其實 O. Heaviside 也是大師級人物!我這樣寫其實是很不要臉的)

Ref.:【科技歷史】瞧 ! 馬克斯威爾來了 « CASE PRESS

總而言之，拿〈論物理力線〉作為物理科學絕對純粹性的一項例證，並不恰當。馬克斯威爾的方程式直到發表後二十五年，才被表達成今日最熟悉的形式。最有名的那四條電磁力和電磁通量方程式，它們簡潔又經濟的表達式，得歸功於卓越的倫敦電信技師希維賽德（Oliver Heaviside）。他一八八五年將這些表達式發表在讀者為電子工程師和商人的商業期刊《電子技師》(Electrician)之上。

身為一八六○年代海底電纜計畫的老兵，希維賽德亟需數學工具來控制能量傳遞，以避免訊號扭曲或遺失。這位孤獨的電信技師並不知道，一位年輕的德國物理學家赫茲（Heinrich Hertz），在同時也建立了這套簡化的場方程表達式。即使是涉及這些表達式最令人熟悉，也明顯是最抽象、最數學形式的部份，現實的問題依然幫助完成了這些漂亮的數學式子。在一八八五年之後的一段時間，它們被稱作赫茲—希維賽德方程式，而非馬克斯威爾方程式。

但是很多因緣巧合.......，後來改做生物資訊。我會覺得，資料分析是一門很重要的學問，所以也打算好好學習。簡簡單單跑一些數據出來是很容易，但是要做到能夠乾淨清楚，就非常困難了。經濟分析就是一個很好的例子。

但是我不想花太多精神做服務生物學家的工具，在電腦時代，每一個上班族都會用 WORD 和 EXCEL，因為這是工作需要，為什麼生物學家可以例外？如果需要去用那些複雜的軟體，他們就該去學，如果要用好用的軟體，他們就該聘專人來優化，而不是浪費另一個領域的學術資源來為他們服務。

服務性的網站不是不能做，像 miRBase 和 Pfam 都很重要，問題是，誰來 Host 這個東西！？我個人認為，生物學家應該學習其他領域，很多物理學家要跑數值分析，他們可以去學 matlab, mathematica, 或者 fortran, 生物學家又不比人笨，為啥就不能去學? NCBI SRA 都必須要結束，UCSC Genome browser 似乎也沒有過去那種活力了。這些 user friendly 最後總會撐不住的。這些人應該要跟計算生物學家和生物統計學家合作，並且也該學習如何使用這些軟體。 我想不只我一個人這麼認為 (A,B)

如果將來有機會管一個部門，用生物學家的錢，像是 Broad 或者 DNASTAR 這樣，開發容易使用的軟體倒是沒啥不好。但是耗用生物資訊學門/生物科技學門/計算生物學門的經費來做這種 UI 改善的工具，我到是不以為然。相同的觀點，也可應用到其他領域，我們應該讓下一代的年輕工程師將心力浪費在這些東西上面嗎?(如果是在 facebook，有物質上的回報也就算了。)

This Tech Bubble Is Different - BusinessWeek

After a couple years at Facebook, Hammerbacher grew restless. He figured that much of the groundbreaking computer science had been done. Something else gnawed at him. Hammerbacher looked around Silicon Valley at companies like his own, Google (GOOG), and Twitter, and saw his peers wasting their talents. "The best minds of my generation are thinking about how to make people click ads," he says. "That sucks."

網路上可以找到中文翻譯，如下：

但是在Facebook呆了幾年以後，Hammerbacher開始感覺不自在了。他覺得許多重大的計算機科學創新和突破很早之前就已經完成了。他也仔細的思考了一下周圍的這些公司包括Facebook，Google和Twitter等，看著自己和同學在為這些公司賣命，他不禁開始覺得：「我們這一代最聰明的人竟然都在這裡思考著怎樣讓人們去大量的點擊廣告，真衰。」

這樣的態度是太過理想性嗎？

或許吧。但是就像我女朋友鼓勵我的 --- 『人沒有理想要怎麼活?』

我出生於商人家庭，我祖父白手起家，到了我爸那代，他沒分到什麼資源，也是白手起家。我在他們身上學到的，就是要往上爬要靠自己。我祖父我老爸雖然不是什麼有道德的人，但是他是那種有錢不一定願意賺的人，尤其是那種上位者用權勢變出來的 case，他是不接的。他們寧願在商場上硬碰硬，或者用勞力賺錢。這是我佩服的。

附帶一提，我女友跟我說 --- 她和我一起撿垃圾總是活得下來。

雖然誇張了一點，但是讓我很感動倒是真的。

Energy drink

Joel Spolsky 曾經在他的一篇文章中提到 Jolt Cola, 它被歸類為是一種 Energy drink

據說頗受 hacker 們歡迎, 也在很多 hacker 電影中出現過

Jolt Cola was featured in Steven Spielberg's film Jurassic Park in a scene which shows computer programmer Dennis Nedry's work station covered with Jolt Cola cans & bottles. It was also shown in several scenes in the film Hackers; in one scene, the characters Razor and Blade refer to it as, "Jolt Cola: The soft drink of the elite hacker."

Energy drink 應該比較接近台灣的老虎牙子之類的東西! 保力達B 那類的飲料不太像, 雖然美國也有這種東西, 像是 5-Hour Energy.

Wiki 上有很多 Energy drink 品牌, 我在西雅圖比較常看到的是 Monster, Rockstar, AMP Energy, 和 Red Bull 品牌. 至於 Jolt 目前無緣得見. 不過我喝過其他幾個牌子, AMP Energy 味道很正常, 有點像是比較不酸的奧利多mini-Oligo, 沒什麼特別的, 至於 Monster 味道有點奇怪. Rockstar 跟汽水好像沒啥兩樣。

根據 Caffeine Content of Drinks, Monster 每 100cc 含 10.0 mg 的咖啡因, Rockstar 每 100cc 含 10.0 mg 的咖啡因, AMP Energy 每 100cc 含 8.9 mg 的咖啡因, Red Bull 每 100cc 含 9.5 mg 的咖啡因, Jolt Cola 每 100cc 含 11.9 mg 的咖啡因!

有趣的是, 看他們的官方網站, 這些能量飲料似乎主打高集中力而非高體力消耗的運動, 像是滑雪和賽車.

但是 Jolt Cola 好像是走奇怪的路線. 有興趣的可以看一下他的廣告影片.

附帶一題, 有一個有趣的網站, 專門討論 Energy drink -- Energy Fiend - Obsessed With Caffeine

Algorithms In The Field (8F)

Ref.:Algorithms In The Field (8F)

這是前幾天在 DIMACS, NJ 舉辦的研討會, Algorithms In The Field, 縮寫是 8F, 因為 A-I-T F 唸成 8F. 科科. 我是沒有機會參加, 不過 D. Eppstein 倒是寫了兩篇 posts 介紹 (1,2,3).

一開始我覺得還漫可惜的, 怎麼沒有生物資訊相關的主題. 不過看了 David Eppstein 的文章, 才知道其實還是有的.

John Doyle: "We have theories, but they're fragmented, incoherent, and incomplete." We have problems that have arisen from the solution to other problems (autoimmune diseases from an immune system that responds well to infectious diseases) and the need for those solutions is now less strong than it was when they evolved. From which he concludes that we should go back to having more infectious diseases in order to better control our autoimmune diseases. Or at least that's what I got from his talk. Also: you have ten times as many signals going from your brain to your eyes than vice versa. The way our eyes work is that the brain sends a fat pipe of predictions out to the eyes and gets back a much narrower pipe of differences from the predictions. That's why we dream so vividly. Also also: DNS is a mistake, because it breaks the layering structure of the internet by allowing the top application layer to gain access to a much lower addressing layer.

不過內容似乎是偏向 complex systems, 或者說是 systems biology.

小記

• 2011 年 Gödel Prize 頒給了 Johan T. Håstad 的論文,
  Some optimal inapproximability results, Journal of the ACM, 48: 798--859, 2001.
  
  
• Michael Mitzenmacher 又回來寫 blog 了! 太好了 :-)
  
  
• Brief communication: DNA from early Holocene American dog - Tito - 2011 - American Journal of Physical Anthropology
  
  在人類糞便的化石裡發現了一塊動物骨頭, 經過 DNA 定序, 發現是狗骨頭! 推論出人類吃狗肉的歷史! 而且是美洲! 科科, 以後爭論時可以拿來用, 有空應該找來看一看.
• Hack, Everything! » Mr. Jamie 看網路與創投
  

  In modern computing terminology, a kludge (or often a "hack") is a solution to a problem, doing a task, or fixing a system (whether hardware or software) that is inefficient, inelegant, or even unfathomable, but which nevertheless (more or less) works. To kludge around something is to avoid a bug or some difficult condition by building a kludge, perhaps relying on properties of the bug itself to assure proper operation.

  我喜歡這個說法!
• Ref.: 狗日的開源軟件許可證 | 酷殼 - CoolShell.cn
  
  以後可能會用到
  
  
• Ref.: EnTech Taiwan | Utilities | iRotate
  
  最近發現辦公室這台 UltraSharp 1905FP 可以將畫面轉成直立, 所以就玩一下, coding 起來感覺還不錯!
  
  
• 最近的流行話題之一, 是Fabrice Bellard 作了一個 Javascript PC Emulator, 真是太炫了!!! 雖然理論上應該是可以, 不過要做得出來也是不容易!!! Geek Rules !!!
  
  

一流的生物資訊研究 IV

前幾篇我都是在站資訊科學的角度談我的想法. 這一篇我想談一下關於生物學家怎麼看生物資訊. (請不要和計算生物混為一談)

在 Nature Milestones in DNA 可以看到, 1990 年代, BLAST 的發明是比較基因體學的發展的關鍵. 2002,2003,2004, 更是生物資訊的黃金時期.

雖然這些發展對資訊科學家來說不見得很熟悉, 或者說覺得很了不起, 但是隨著國家對生醫相關領域的補助開始提高, 台灣也漸漸越來越多資工系教授投入這個領域. 當然, 其中也不少對生物沒有興趣, 只是想賺點 paper 和國科會經費的研究人員. 這也是常常被生物學家批評的一點 -- 資工人做的東西沒有考慮到生物學家的需求, 盡做一些沒有用的東西.

但是, 就我個人注意到的(個人偏頗地觀察), 很多論文其實都有掛, 一兩個非資工的學者的名字, 甚至很多是生化, 生醫相關的教授. 但是這些有多有用? 我倒不以為然. 很多其實也是騙騙論文而已. 我想對某些生物學家來說, 這個研究只是大計畫下的 side project, 她們不見得會做到很細, 有時候只是當下滿意就好. 當然也是有例外, 像是 Broad Institute 就開發了很多軟體, 但是那也是為了滿足自己的需要. 而且她們有聘專業的資深工程師來協助開發和維護!

這其實是很有趣的. 同樣一篇生資論文, 生物學家在生物方面就會特別重視, 所以會強調生物方面的意義, 但是資科學者就會強調在技術上的創新, 也就是說,　兩方預設的讀者並不相同． 在論文寫作上的也有差異, 例如生物學家就偏向舉例, 盡可能不要批評, 但是資科學者就會偏向提出數據來說明做得比較好, 例如速度和準確度之類. 資科學者在圖表上面就沒那麼重視, 但是生物學家常常就會想辦法畫出精美的圖表, 而這也常常跟介面有關, 生物學家相對來說就比較注重使用者介面.

這倒不是對或不對的問題, 好的使用者介面非常重要, 這個我們從消費性電子的市場就知道了. 但是, 這應該交給專家來做, 而不是叫一些碩士班學生或者博士班學生花精神在改善這些地方. 像是 Broad Institute 這樣請職業程式設計師來做是很棒的. 但是叫學生來做這些東西, 某個程度上, 是一種資源的錯置.

我認為像 Genome Research 或者 Nature Method 這種生物為本, 偶而刊載一些生資文章的發表模式是比較健康的. Nucleic Acids Research 的 web server issue 或者 database issue 的做法也不錯. 我覺得在 Bioinformatics 之類的期刊上, 不應該刊登整合性資料庫的文章, 畢竟生物學家很少會看這種期刊, 而這種資料庫對資訊科學來說相對沒有學術價值.

就像之前提到的 Nature 有個 The Future of the PhD 裡面就提到, 不論是博士氾濫, 不只是台灣的問題, 美國, 英國, 日本, 中國都是這樣. 尤其是生醫相關領域, 增長數字更是驚人. 這些新科博士, 真的有那麼多需求嗎? 還是只是為了滿足需索無度的教育系統!? 這我沒有資格置評. 但是如果這個增長真的是病態的, 我不希望從資訊領域跳過來的學生是這個系統下的犧牲品.

好用的使用者介面, 漂亮直覺的畫面呈現, 還有整合性的資料庫, 這些當然對生物學家來說都很有幫助. 但是, 對資訊背景的學生有什麼幫助呢? 她們實作這些東西可以學到什麼? 這些東西某個程度上不該是由大型學術計畫去聘程式設計師開發維護的嗎? 還是她們被當作廉價的人力? 如果是開發真正有用的軟體, 例如到 Ensembl, UCSC, 或者 Broad Institute 去做研究或者當工讀生, 或者對生物學有很強烈的熱情也就算了, 但是如果只是為了發表論文而將才智和時間浪費在這些無謂的軟體上. 我覺得實在有點可憐. 我覺得她們的才智可以花在別的地方. 我不知道生物學界有沒有類似的生態. 但是在資訊工程, 一些 hacker, 像是 R. Stallman, T. Linus 都有很高的地位, 但是他們不見得是博士, 也不見得呆在學術界, 但是她們的確推動了技術的成長.

做什麼不是重點, 重點是真的喜歡, 或者你覺得自己做的東西有意義, 而不是為了發論文而發表的東西而已. 一個真的用心想要投入生物資訊研究, 應該是願意花錢去做資料蒐集和驗證的學者, 而不是僅僅把這個東西當作是 side project 的學者, 或者換一個角度來說, 是否對生物研究和和對生資研究有同樣的嚴謹態度? 同樣看重? 這種要求很容易陷入僵局, 因為對另一個領域的了解有限, 往往對品質無法作正確的評判 --- 過高或過低. 這是跨領域合作的難處. 我也相信所以跨領域合作不該是兩(多)個團隊短期的相遇, 而該是長期的相處.

如果生物學家覺得生物資訊沒啥用處, 這也okay, 那就請那些生物學家不要來玩這個東西, 乖乖當 end user. 如果生物學家覺得生物資訊很有用, 但是對這個東西沒有研究興趣, 請給這個領域的學者一定的尊敬, 當個虛心的 active user. 如果生物學家覺得生物資訊很有用, 也想一起合作開發一些有用的東西, 也請尊重對方的研究興趣, 對資訊學者來說有學術意義的東西, 不見得對生物學家有意義, 但是這就是合作要互相禮讓的部分. 資訊學者花很多時間改進模型或者演算法, 或許對生物學家來說不是那麼重要, 但是這是學術合作, 不是商業合作, 不是片面由消費者覺得一個東西的價值. 生物學家很容易忘記這一點.

產學之間

Matt Welsh 是 Google 的 senior software engineer, 但是之前是哈佛資工的教授XD

他跳槽到 Google 之後, 對產學研究環境和研發模式似乎很有興趣, 常常在他的 Blog 上討論. 例如 The death of Intel Labs and what it means for industrial research

前幾天他又寫了一篇 How can academics do research on cloud computing?

John Wilkes made the point that that he never wanted to see another paper submission showing a 10% performance improvement in Hadoop, and he's right -- this is not the right problem for academics to be working on. Not because 10% improvement is not useful, or that Hadoop is a bad platform, but because those kinds of problems are already being solved by industry.

之前在和韓老師合作時, 就 survey 過相關的問題. 要研究所謂的 cloud computing 或者 distributed data center 所需要投資的基礎建設實在很大. 對台灣的學校來說根本是不可能的. 除了 Scale 過大以外, 就算聯合建立起這樣的系統, 又如何有效的共用這個系統? 做一些理論性的探討, 在這樣的領域有多大的意義? 畢竟架構和解決方案都在快速的演進中....今年討論的模型明年可能就不適用了....

小記

• Ref.: 第一期 5年500億 頂尖論文只多2篇｜生活萬象｜中時樂活｜中時電子報
  

  五年五百億計畫成果如何？依教育部資料，九十四年國內十五所頂尖大學發表在一流期刊《自然》、《科學》的論文共十五篇；領了大筆計畫經費後，九十九年發表在這兩種刊物的論文是十七篇。若只從這個指標衡量，五年五百億計畫成果是：只多兩篇。

  看看這些論文, 只要 sequence 一些鬼東西就可以上 N/S/PNAS 期刊. 台灣花個兩千萬 sequence 台灣黑熊和櫻花鉤吻鮭, 大概就有兩篇了吧. 投資報酬率是 500/0.2 = 2500 倍XD
• Ref.: 11011110: New academicians
  
  James Demmel, Jon Kleinberg and Leslie Lamport 當選了 National Academy of Sciences 的院士! 恭喜恭喜. 前一位我不太熟悉, 後兩位倒是大名鼎鼎.
• 期刊 PLoS Computational Biology 打算推出一系列的專欄文章, The Roots of Bioinformatics. 藉由了解一個領域的過去發展, 或許我們可以去掌握未來該領域的走向. 當然, 科學史不是這個期刊的目的, 所以他們不是要請歷史學家來爬梳, 而是從過去資深的從業人員的視角, 來回顧整個發展史. 目前已經刊出了三篇, 有興趣的人可以追蹤一下.
  
  • David B. Searls The Roots of Bioinformatics
  • Russell F. Doolittle The Roots of Bioinformatics in Protein Evolution
  • Paulien Hogeweg The Roots of Bioinformatics in Theoretical Biology
• Ref.: 拉普拉斯，費雪以及充分統計量的發現, 黃文濤, 原載於數學傳播第三卷第三期
  
  我在學習充分統計量的觀念時, 發現這篇文章. 很有趣的文章, 雖然 Fisher 貴為二十世紀最偉大的統計學家之一, 但是他有不少工作其實都是重複和拉普拉斯和高斯等前人重複, 讓我們不禁感嘆, 這些大師有多偉大!

Country/Nation/State

Ref.: 台灣是什麼國家？Country? Nation? State? - 歸人的網誌 - udn部落格

英文中所謂「國家」，有好幾個不同的字：Country 偏重地理涵義，Nation 強調的是民族，而State指的是政權。Nationality相對於 Nation，指的是「哪裡人」的人；Citizenship相對於State，才是在「哪個政權」有投票權的人。

很久以前聽說這三個字有點差異, 但是搞不太清楚. 所以查了一下. 似乎是有點差異. 但是不太具體, 這種些微的差異可能對非以英文為母語的人來說可能很難掌握.

根據牛津大字典 OED

Nation
a large aggregate of people united by common descent, history, culture, or language, inhabiting a particular country or territory

Country
a nation with its own government, occupying a particular territory

State
a nation or territory considered as an organized political community under one government

根據維基百科

A country is a geographical region. A country may be the territory of a sovereign state, the territory of a non-sovereign (or formerly sovereign) political division, or a region associated with a certain people or certain characteristics.

A nation is a group of people who share culture, ethnicity, language and/or territory.

State commonly refers to either the present condition of a system or entity, or to a governed entity or sub-entity, such as a nation or province.

Ref.: Country, State, Nation - Definition of Country, State, and Nation
Ref.: State, Country, and Nation The criteria that define a country, an independent State, and a nation

一流的生物資訊研究 III

Ref.: Katharine Miller: "Bringing the Fruits of Computation to Bear on Human Health: It's a Tough Job But the NIH Has to Do It", Published by Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of Biological Structures

續前文。

西元兩千年時, NIH Biomedical Information Science and Technology Initiative Consortium 提出了對生物資訊和計算生物學的定義

Bioinformatics: Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data.

Computational Biology: The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social systems.

在台灣資工界, 我的認知裡, 計算生物學被大家視為是一個研究演算法的領域 -- 只是問題來自生物科學. 就像是做 Network algorithm 一樣, 資訊科學家還是在研究演算法, 只是問題來自 computer networks.

不過我個人認為這樣的觀點不是那麼適合.

Computational 是用來修飾 biologist 的形容詞, 所以這些人應該以 biologist 自居! 他們可能會發展統計方法, 演算法, 或者模擬方法, 但是問題的核心應該是在生物上面, 而不是 computational methods. 也就是說, 他們應該在意的生物意義. 就像 Molecular biologist 是分子生物學家, 他們在意的是生物問題, 而不是物理或化學. 他們的工具是分子相關的技術, 而他們是為了更了解生物的奧秘而去發展新的分生技術.

在這個層面上, 我同意 Grant Jacobs 的論點, 計算生物學家應該要有更多的生物知識, 而且應該和生物學家有更多合作.

By contrast, computational biology is primarily founded on theoretical science; computer science is a toolkit used to implement the theoretical concepts in a practical way. Computational biologists tend to be specialists, as they tap into specialist biological knowledge that take time to build up.

李文雄教授在 Phylogenetics 方面的研究和 Hamid Bolouri 在 simulating genetic regulatory networks 上的研究應該算是好例子.

但是, 讓我覺得不太舒服的是一種廣為流傳的態度 -- 生物資訊的存在就是為了幫助生物學家. Grant Jacobs 就提到

At a recent bioinformatics meeting I attended, a senior experimental biologist from overseas commented to the effect that it was hard for bioinformatics researchers to build their own careers, to publish their own papers. My take on his comment was that he was referring to the tendency of experimental research to treat the bioinformatics as a service, seconding the work or linking to service centres, rather than treating bioinformatics researchers as collaborators, stand-alone groups in their own right.

老實說, 我不太明白為什麼這些生物學家自認為高人一等? CS 的就業市場和薪資都比生物學家高多了, 資訊科學家實在不需要紆尊降貴來服務生物學家.

不論是計算生物學或者生物資訊, 我相信他們的主要目的是 "輔助生物學研究", 而不是 "輔助生物學家". 這兩者不是等價的. 就像當年在 Niels Bohr and Erwin Schrödinger 鼓吹之下, 許多新一代的物理學家和化學家紛紛投入生物的領域, 難道他們是幫生物學家開發實驗技術而已嗎? (實際上, Alan Turing 和 Claude Shannon 都研究過生物學, 不過我不知道他們的動機是什麼XD 不過有興趣的人可以去讀一讀 Searls 的 The Roots of Bioinformatics)

老實說, 被視為是 service 而不是 reinforcement 這點讓我覺得不太舒服! 每一個領域的學者都有他們自己的研究興趣. 雖然我不認同逐 funding 而居的研究態度 -- 藉由生物資訊的名字去申請生物科技的 funding 來做與生物關聯性很低的研究. 但是跨領域"合作"是需要互相尊重的! service 這個觀點我不是太能接受.