2011年10月9日 星期日

Exogenous microRNA

Ref.: Lin Zhang, et al, Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA, Cell Research, 20 September 2011

這篇大陸的研究,剛好和我與學長在西雅圖某單位研習的那段時間有點關係。那個時候學長的上司發現了可能有 Exogenous microRNA。所以做了 NGS 實驗,要我幫忙分析,而且學長和工研院合作時,也發現了類似的現象。如果說外界的 microRNA,可以透過某些途徑,像是食物攝取,來影響人的基因調控,這就變得很有趣了。

很可惜的是,一方面團隊中某些人似乎並沒有太把這個方向放在心上,另一方面他們的實驗設計有問題,所以進度一直在原地打轉。

就這樣拖著拖著,別人就把這個發現發表出來了。我看到這篇論文當天就轉寄給大家看,後來學長的上司還寫了一封信給相關研究者,表示非常遺憾之類的。

我和學長的立場是認為這不太可能是真的,畢竟 microRNA 這麼短,在加上 NGS data 準確度還很有問題,根本很難判定這是不是雜訊。所以那個時候大家的想法是認為這也有可能是樣本污染之類的,這也花了我們不少時間去分析資料。可是詭異的是,在實驗設計方面,他們一直用一些拐彎抹角的方法去驗證,我和學長有討論建議一些簡單的實驗設計可以直接看出結果,他們雖然認為可行,卻不願意採用。

這也是讓我在跨領域合作失望的經驗,當他們對資訊人做的東西有意見時,常常指手畫腳;但是反過來我們的意見卻常常被忽視,好像要他們做個 PCR 之類的分子生物學基本實驗也是不合理的要求一樣。

我和學長的研究雖然不直接和這個題目相關,但是我想如果這個題目進展順利的話,我們現在的想法應該不至於會那麼排斥和生物學家合作吧。(雖然說不是所有的生物學家都這樣,但是目前為止,我還真沒有讓我覺得愉快的合作經驗。)

沒有留言: